老杨同志
呵呵，首先从法理上讲，六十九条是十一条的例外情况，因此，如果甲侵权，乙适用bolar例外不侵权，完全不矛盾，因为乙的行为“被例外”了。类似于这样的例外，在其他法律里也很常见，例如刑法就规定精神病人在发病期的行为不承担刑事责任，这也是一种例外。
不是在讨论是不是例外, 是在说甲的行为是不是在例外的范围之内。甲、乙都实施了专利，最终产品也都被用于与注册审批相关的研究，且甲、乙行为相关联,甲侵权，使用“侵权产品”的乙却不侵权， 这是解释不通的。

另外，六十九条第五款的规定，只规定了制造、使用、进口三种行为免责，并没有提及销售免责，由于六十九条本就是例外情形，不适用“法无禁止则可行”的原则，因此，只要是能够被认定成销售的行为，无论是免费还是收费，都是侵权的。

第五款的后半句，从立法本意来看，是为了方便那些为提供行政审批所需要的信息需要制造、进口但是暂时没有能力因此委托他人为其完成制造、进口行为，而被委托人的制造、进口行为也仅仅是专门为了完成委托人本身的提供行政审批所需要的信息而实施，被委托人的制造、进口行为可以视为是委托人自身制造、进口行为的组成部分。
和“法无禁止则可行”扯不上关系，是准确界定例外范围的问题，本人认为“专门为其制造”的本身就隐含销售行为，这条款写法是加不进“销售”二字的，加了会语意不通。不赞成国内专利法中该条款的写法，会有很多不必要的争议。美国人在bolar例外中写的就很明确是“实施发明”，没有细分各种行为。

上述甲把自用100kg外的900kg销售给乙， 乙将其用来进行申报注册所需的研究，此时甲的行为首先不符合“专门”，其次其生产制造行为也不是受乙委托，因而粘不了乙的光，享受不了例外的待遇。
是否“专门”要看其最终目的，或用该目的解释是否合理，一个行为可以有多个目的。照上面的解释，甲为乙定制加工就不侵权，甲先制备好卖给乙就侵权，法律应不会这么滑稽，也着实没有区分两种行为的必要。

由于新法的六十九条第五款是新规定，还没有相应案例发生，也就没有进一步的司法解释**，上述各人之间理解不同也是难免的，这需要进一步的司法实践来明确。