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遗传发育

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论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  数据分析
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【专题讨论】新年2010_gift：连锁不平衡（Linkage disequilibrium）

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楼主 liyi3344520
liyi3344520
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这个帖子发布于10年零280天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
目前随着marker检测技术发展，越来越多的突变发现！

怎么能来分析这些海量的突变？

LD的分析是目前常规方法！

SECTION 1： LD的重要性

1.首先我先介绍一下为什么要提到LD这个概念？

我们可以把marker定义为以下两种：

1）直接作用于QTL，我们可以叫做gene marker

2）有可以分为两种：

a.marker紧密联在QTL遗传到下一代，重组率发生低。我们可以称为LD marker

举个例子，A为marker；B为QTL；r2为LD(proportion of QTL variance observed at marker）
如果QTL variance为200kg2，r2为0.2 所以marker 获得variance为40kg2

b.遗传到下一代时候marker与QTL发生重组，我们可以称为LE marker.

由此可以得出，使用连锁marker（linked marker）依赖于maker与表型的关联！
换句话来说，选择MM基因型或个体来传递等位基因M,需要marker与QTL处于连锁不平衡。

--J.C.M.DEKKERS & R.L.FERNANDO

2.LD随着marker之间重组距离（recombination rate）的增加而降低。
--Ben J.Hayes
本文属丁香园原创，如有转载请注明作者liyi3344520
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2010-01-15 16:07 浏览 : 26902 回复 : 35
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liyi3344520 编辑于 2010-03-23 11:16
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zxyapple
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丁香园准中级站友

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支持老大，辛苦辛苦
2010-01-18 10:37
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lxyd2007
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期盼！！！

现在就急需这个软件以及使用方法。
2010-01-19 11:24
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楼主 liyi3344520
liyi3344520
丁香园准中级站友

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SECTION 2： LD的定义
LD means simply a nonrandom association of alleles at two or more loci.
简单地说LD就是两个或两个以上位点中等位基因非随机的关联在一起。

1.如何量化LD？
1）从细胞生物学角度来说，用配子频率（gametic type)来解释，而不是用合子基因型（zygotic gentypes）。

因此，结合的杂合子A1B1/A2B2(coupling heterzygote),频率为2ru；相斥的杂合子A1B2/A2B1(repulsion heterzygote),频率为2st.

D=ru-st

这里的D为结合杂合子（A1B1/A2B2）与相斥杂合子（A1B2/A2B1）的一半。

see F&M p16

2）从统计学角度来说，不平衡可以通过基于独立性（independence）来对比单倍体（haplotype）的期望频率和实际频率。

在实际实验中，我们的数据来自基因型数据（没次序基因型unordered genotype），不是单倍体，所以就需要一些方法来估计单倍体频率。

2.r2是确定LD关键参数（特别是在LD mapping中）

样本数通过1/r2增加来更加准确获得QTL。

本文属丁香园原创，如有转载请注明作者liyi3344520
2010-01-19 12:40
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liyi3344520 编辑于 2010-05-29 22:51
  • • 少见病例 腹膜后脓肿？

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