利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创)
多年前有人问:GSEA想看单个基因表达高低富集的通路如何处理数据?
看到帖子最近又被人顶了起来
我简单说下我的做法。
利用GSEA看单个基因表达高低富集通路,将肿瘤样本进行人为分组是不太合适的。最好做法是利用该基因的表达水平建立continuous label,在图中step3选择你想用的基因。然后用pearson进行分析(step4)。
有问题可跟帖一起交流。(感谢版主加分鼓励
)
多年前有人问:GSEA想看单个基因表达高低富集的通路如何处理数据?
看到帖子最近又被人顶了起来
我简单说下我的做法。
利用GSEA看单个基因表达高低富集通路,将肿瘤样本进行人为分组是不太合适的。最好做法是利用该基因的表达水平建立continuous label,在图中step3选择你想用的基因。然后用pearson进行分析(step4)。
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