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利用GSEA看单个基因表达高低富集通路的数据处理方法(原创)

发布于 2018-04-25 · IP 北京北京
1.5 万 浏览
这个帖子发布于 7 年零 198 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

多年前有人问:GSEA想看单个基因表达高低富集的通路如何处理数据?

GSEA想看单个基因表达高低富集的通路如何处理数据?

看到帖子最近又被人顶了起来

我简单说下我的做法。

利用GSEA看单个基因表达高低富集通路,将肿瘤样本进行人为分组是不太合适的。最好做法是利用该基因的表达水平建立continuous label,在图中step3选择你想用的基因。然后用pearson进行分析(step4)。

有问题可跟帖一起交流。(感谢版主加分鼓励

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