求助：分子鉴定、SSCP及PCR产物分离回收

我现在要分子鉴定肠道几种不同的原虫，因这些原虫不好纯培养，而且多数混合感染。借鉴16S rRNA基因可用于肠道菌群分子鉴定。我想利用18S rRNA基因序列进行分类鉴定。初步设计的实验过程：
1. 分析GenBank中该类原虫（同属或同科的）的18S rRNA基因序列，设计保守引物，扩增目的片段（片段大小设为450bp，将18S rRNA序列高变区设在扩增片段的中间）。
2.利用SSCP电泳将上述PCR产物（序列等长或相当但不同源的DNA片段的混合物）分开，EB染色，切胶回收各种不同源产物。
3.用回收的不同产物作模板再次PCR扩增或直接克隆测序。

不知道这样可不可行，有什么漏洞或不足之处，还请各位指点和补充。本人不胜感激！！！！

另外，
1、将这种序列等长但不同源的DNA片段分离开，利用SSCP电泳效果如何？查文献变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE）、温度梯度凝胶电泳（temperature gradient gel electrophoresis，TGGE）效果不错，但需要特殊的电泳设备，而我们实验室可以做SSCP，请教是否还有其他好的将这种序列等长但不同源的DNA片段混合物分开？
2、SSCP用EB染色，其分变率能分开多少碱基差异的片段以便切胶回收？切胶是否有困难？切下回收的单链DNA片段能否作模板用原扩增引物是否能工作？