请教PCR及EB问题

我是PCR新手，体系有两对引物，如果只跑出其中一个条带的话会很亮的，但有的模板跑出两个条带时就会一个亮一个比较淡，请教有经验的朋友这是什么原因？要做些调整吗？另外我想请教跑胶时如果把EB加在胶里，电泳后的缓冲液需要特别处理再丢弃吗？或者跑胶再染色的话，染色液需要怎么处理才能丢弃？胶怎么处理？我个人觉得用EB还是挺恐怖的，除了自己防护也不能污染环境哈，自己比较菜不知该怎么处理，特向大家请教～