GO富集分析
做组学分析时，常常会用到功能富集分析，其中Gene Ontology(GO)是富集分析常用基因集之一。GO注释的结果一般有三种展示形式：第一种是有向无环图（DAG，directed-acyclic-graph），第二种是柱状图，第三种是气泡图。下面依次来做介绍。
（1）有向无环图
箭头表示上下层级关系。
椭圆形表示富集程度没有在前10的GO terms；方框表示富集程度在前10的GO terms。
颜色表示差异基因在GO term里的富集程度，颜色越深则表示富集越显著，红色表示富集最显著，黄色次之，无色表示富集不显著。
框内的第一行表示GO的term编号，第二行表示该term的功能描述，第三行表示p值，最后一行数字表示该研究中富集到该term中的差异基因数/该term中全部差异基因数。
（2）柱状图
富集的柱状图或者气泡图一般会选择前10或者前20个进行作图。
X轴一般有几种情况，如count/Gene Ratio/-Log10(padj），柱子越长说明该条目下基因数越多、富集后越显著；Y轴表示富集条目，GO富集包含三个本体（细胞组分（cellular component，CC）、分子功能（molecular function，MF）、参与的生物过程（biological process，BP）），可以使用不同颜色区分。
（3）气泡图
X轴是一个比值（Rich Factor/GeneRatio/ （GeneRatio / BgRatio ））或者差异表达倍数，值越大，富集到该通路的差异代谢物/蛋白质/基因富集程度越高；Y轴表示富集出来的GO或者通路名称，挑选富集通路前20或30的通路来绘图；点的大小表示Gene数目，点越大，表示富集到该通路的基因越多；颜色代表P值的高低，-log10(Pvalue)越大，P值越小，表示该通路越显著。
