启动子|介绍几种启动子的预测工具

启动子是位于基因上游的一段特定DNA序列，能被RNA聚合酶以及多种转录因子识别和结合，从而启动下游基因的转录。启动子决定了基因是否表达、表达的时间、地点及表达量的高低，理解启动子的结构和功能，有助于揭示基因表达调控的分子机制，这对于基础生命科学至关重要。

预测启动子的网站有很多，下面介绍5种常用的：

一、Ensemble

1|打开ensemble【Ensembl genome browser 114】，选择物种并输入要预测的基因名称，然后GO。

2|选择基因点进去。

3|拉到下面就可以看到了。

4|双击上面红框位置，可以定位并放大该区域。

5|可以通过窗口工具查看或选择。

 二、The Eukaryotic Promoter Database

1|打开EPDEPD The Eukaryotic Promoter Database,输入物种名和基因名。

2|这个网站包含很多组蛋白的测序分析以及启动子结合峰分析，往下拉。

3|按这样子修改预测参数：motif类型可以根据需求更改。

4|出来的这个便是预测的启动子位点。

三、Promoter 2.0

1|打开Promoter 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services直接粘贴序列或者导入文件。

2|点submit结果就出来了。

四、Softberry

这是个在线工具库，在这个库里预测人启动子的工具有三个，由于算法不同，得到的结果也有差异。（当然这个库的使用可能要接VPN）Search for promoters and functional motifsFGENESH 这里拿TSSG进行演示：

1|点进去后直接粘贴或者选择下载好的文件，点process即可

2|结果如下

预测都是依据一些固有的研究进行计算预测，当然由于算法不同，预测到的位点可能不尽相同。

有一篇文献分析统计过这几种预测工具的准确性，TSSG是最高的。

预测是不完全准确的，需要得到准确位点可以通过以下实验进行检测：

1. 荧光素酶/报告基因实验版主帖| 荧光素酶报告载体构建及实验流程篇
2. 5' RACE（Rapid Amplification of cDNA Ends）
3. ChIP-PCR/ChIP-seq（染色质免疫沉淀）
4. EMSA（电泳迁移率分析）EMSA|Electrophoretic Mobility Shift Assay-DNA&Protein 互作证明实验