mRNArchitect：参数解释说明

序列输入（Input）

CDS：目标编码序列。可粘贴氨基酸、RNA 或 DNA 序列。另外您可能需要考虑加入有用的序列元件，例如核定位信号、信号肽或其他标签（tag）。请确保编码序列以 MET 密码子开始并以 STOP 密码子结束。您可能需要使用两个不同的终止密码子来进行有效终止（例如 UAG/UGA）。

5'UTR：5端非翻译序列。核糖体结合并扫描5'UTR是蛋白翻译的必需步骤。mRNArchitect默认使用源自人alpha珠蛋白（Human alpha-globin，HBA1，基因ID 3039）的5'UTR。

3'UTR：3端非翻译序列。3'UTR 受 microRNA 和 RNA 结合蛋白调节，在细胞特异性 mRNA 稳定性和表达中发挥关键作用。mRNArchitect默认使用的源自人alpha珠蛋白（Human alpha-globin，HBA1，基因ID 3039）的3'UTR已在不同细胞类型和应用中得到验证。

Poly(A) tail：多聚腺苷酸尾。您可指定 Poly(A) 尾的长度或粘贴更复杂的设计。 Poly(A) 尾的长度在 mRNA 翻译和稳定性中起着至关重要的作用。mRNArchitect默认不添加Poly(A)尾。

参数设定（Parameters）

Number of sequences：序列数，需要生成的优化mRNA序列数量。需要生成的序列越多，所需的时间越长。输入序列数上限为10个。

Organism：目标生物体。您需选择用于密码子优化的目标生物，选定生物体中高表达基因的首选密码子将用来进行mRNA优化 。mRNArchitect默认使用人密码子。

Uridine depletion：尿苷移除。如果勾选该项，将最大限度地减少 mRNA 序列中尿苷的使用。这一过程是通过在密码子的第三个摇摆位避免编码尿苷来实现。尿苷移除会影响 mRNA 序列的反应原性。

Avoid ribosome slip：避免核糖体移码。在开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）中，核糖体可以在连续的N1-甲基假尿苷（N1-Methylpseudouridine）上移码一位。勾选该项可以避免ORF中存在多于3个尿苷（U）。

Min/Max GC content：最小/最大GC含量。定义mRNA 序列中包含与 mRNA 稳定性和发夹结构相关的鸟嘌呤（G）/胞嘧啶（C）的最小或最大百分比。我们推荐使用 0.4 和 0.7。

GC window：计算和施加最小/最大 GC 含量的窗口大小。我们推荐使用100。

Avoid cut sites：避免序列中的限制性酶切位点。

Avoid sequences：指定在mRNA序列中需要避免的序列。

Avoid repetitive：避免在 mRNA 中重复任何超过此长度的序列。我们推荐不超过10个核苷酸。

Avoid PolyA/U/C/T：避免难以合成和翻译的同聚物片段。我们建议poly (U)/poly (A) 为 9，poly (C)/poly (G) 为 6。

Hairpin stem size：发卡结构主干大小。避免稳定发夹结构超过此长度。我们推荐10个核苷酸。

Hairpin window：用于测量发卡结构的窗口大小。我们推荐60个核苷酸。

结果（Results）

Full-length mRNA：根据用户设置的参数组装和优化的 mRNA 序列。

A/U/G/C ratio：输入和输出的优化mRNA序列中的核苷酸比例。高GC含量与稳定的二级结构相关，而低尿苷（U）与反应原性相关。

AT/GA/GC ratio：输入和输出的优化 mRNA 序列的二核苷酸比例。高GC含量与稳定的二级结构相关。

Uridine depletion：第三个核苷酸位置为尿苷（U）的密码子的分数。最大值和最小值分别为 1（所有）和 0（无）。

CAI：密码子适应指数（CAI）是 mRNA 序列使用的密码子与生物体首选密码子之间偏差的量度。CAI 评分范围从 0（完全不同）到 1（所有 mRNA 密码子均与生物体密码子使用参考表匹配）。

CDS MFE：最小自由能（MFE）是与 RNA 分子二级结构形成相关的最低吉布斯自由能变化。较低的 MFE 值与更稳定的二级结构相关，但同时也可能会有阻碍后续蛋白翻译和表达的发卡结构形成。

5'UTR MFE：5'UTR序列的最小自由能。MFE值越低，RNA分子二级结构越稳定。

3'UTR MFE：3'UTR序列的最小自由能。MFE值越低，RNA分子二级结构越稳定。

Total MFE：完整序列（5' UTR、编码序列、3' UTR 和 Poly(A) 尾）的最小自由能。 较低的MFE 值与稳定的二级结构相关。