求助，基因异源表达

想把一段外源基因整合到构巢曲霉基因组中进行异源表达，通过同源重组替换原来基因组的一段序列，但是插入过程中，我的基因顺序和被破坏这段基因顺序相反，我的外源基因已经携带了外源的启动子终止子，与原来基因顺序相反是否影响表达？目前发现基因没有转录。求助各位网友，谢谢啦