NGS测序所需要的基本软件有哪些？

如题，做好测序用文库构建以后，直接上MiSeq,然后就出来一堆下机数据，然后再对数据进行修剪过滤。过滤后的片段数据用什么开源原件可以做拼接？

如果做拼接的话，如何从海量的reads里面筛选可以拼接的片段进行高效的拼接？

是不是先用reads在数据里面大体的查询一下，先找出来大概能比对上的，然后这些reads再拿出来进行拼接，然后再拿到BLAST去做比对？

刚接触这方面的研究，还在学习过程中，请各位前辈多指教。