网药必备神器：TCMSP数据库

在进行网络药理学研究时，最重要的环节之一就是获取中草药的成分。除了可以使用LC-MS（液相色谱-质谱联用） 鉴定中草药的成分外，我们还可以使用TCMSP（ https://www.tcmsp-e.com/#/database ）数据库来检索中草药的成分。

TCMSP 是一个独特的中草药系统药理学平台，可捕捉药物、靶标和疾病之间的关系。TCMSP 包括化学物质、靶标和药物-靶标网络，以及相关的药物-靶标-疾病网络，以及天然化合物的药代动力学特性，如口服生物利用度、药物相似性、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等。

TCMSP的检索方式包括以中药名称、化合物名称、化合物InChIKey、化合物CAS号、靶标名称、疾病名称等信息的检索。

这里我们以金银花为例，通过中药名称检索。

点击拉丁学名进一步查看信息

首先我们查看的是金银花中所包含的成分。当成分过多时，可以根据10列数据中的OB、OL值对成分进行筛选，常用的筛选标准是OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18，点击Save列下载标志可以下载成分的结构（mol2文件），以便用于分子对接中。

大家可能会好奇，这10列的数值分别代表着什么呢？别急，马上给大家揭晓。

MW (molecular weight)分子质量，是利平斯基“五法则”的参数之一，该法则评估药物的相似性或确定具有某种药理或生物活性的化合物是否具有使其可能成为人类口服有效药物的特性。分子量在180到500道尔顿之间的化合物被认为更有药性。

AlogP表示辛醇与水的分配系数，是测定分子疏水性的关键。它基于Ghose-Crippen方法，该方法根据120种原子类型的疏水性贡献，包括H,C, N, O, S和卤素的共同键的回归方程计算。

Hdon和Hacc分别用可能的氢键供体和受体的数量来表示分子的氢键能力。这两个参数与其他ADME参数一起通过功能影响化合物与靶标的相互作用。

OB（oral bioavailability）表示口服剂量不变的药物到达体循环的百分比，它揭示了分子的ADME过程。高口服生物利用度通常是确定生物活性分子作为治疗剂类药物性质的关键指标。

Caco-2（Caco-2 permeability）由于人肠细胞系Caco-2通常被用作有效的体外模型来研究药物在肠上皮中的被动扩散，因此使用Caco-2单层中各成分的转运速率(nm/s)来代表TCMSP中肠上皮的通透性。

BBB（blood-brain barrier）血脑屏障的解剖学特征是连续的无孔内皮细胞之间存在细胞间紧密连接，其正常功能是限制蛋白质和潜在的诊断和治疗药物进入脑实质。了解和评价化合物进入中枢神经系统的能力是至关重要的，BBB <-0.3的化合物被认为是非穿透性(BBB-)，从-0.3到+0.3的化合物被认为是中度穿透性(BBB±)，>0.3强穿透性(BBB+)。

DL（drug-likeness）是一个用于药物设计的定性概念，用于估计未来化合物的“药物样”程度，这有助于优化药代动力学和药物性质，如溶解度和化学稳定性。化合物的“类药”水平为0.18，作为中草药中“类药”化合物的选择标准。

FASA-是指所有带负部分电荷的原子的分数水可达表面积，可用作类药物分子的药物相似性评价。

HL（drug half-life）半衰期定义为“体内化合物数量减少一半所需的时间”，它规定了化合物可能引起治疗的时间尺度。

随后，我们也可以使用TCMSP取完成网药研究的另一个重要步骤：靶点预测。

我们先看看每个成分所对应的靶点信息。

然后看一下TCMSP自动生成的成分-靶点网络，根据需要可以下载网络的不同图片格式。

此外，还能查看成分-靶点网络的参数信息

最后，我们同样也可以使用TCMSP预测靶点所对应的疾病，因为这部分的内容和靶点预测大同小异，这里就不再赘述啦。