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关于 promoter 2.0 预测启动子的问题

发布于 2024-09-04 · 浏览 842 · IP 天津天津

研究的一个基因 MYLK,文献里面关于这个基因启动子只取了 2000bp 左右的序列,作者用 promoter 2.0 和其他软件预测以后说这个基因没有典型的 TATA 盒等启动子特有的序列。然后我自己在 NCBI 里面取了 2000、2500、3000、4000 四个长度去预测,也都只有一个可能的结合位点,距离非常远,都在 2000-3000 多的位置,也没有 TATA 盒序列,一般不都认为在 TSS 上游 2000bp 左右为启动子区,这种都到了 3-4000bp 了,有可能么?另外如果往 TSS 下游加一段,加多少合适 ?我用TSS 上游 +2000 和下游 -100的位置从新预测,倒是能预测出来一个Transcription factor binding sites for promoter。求解惑,谢谢。

最后编辑于 2024-09-04 · 浏览 842

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