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经常做实验、处理数据的科研 er 肯定都懂这三种痛：

大海捞针的痛苦：样本太多太复杂，找标志物像「海底捞针」，难以准确识别和测量。

高速堵车的无奈：堆积如山的样本和数据，工作效率提不上去，就像在高速路上堵车。

考古挖掘的艰难：质谱数据的处理耗时又复杂，想要挖掘出数据中有价值的信息，仿佛在做文物挖掘。

你在分析实验中遇到过哪些难题？又有什么具体问题困扰？点此链接，参与有奖调研告诉我们你在实验分析中遇到的难题，完成问卷即可参与抽奖赢蓝牙耳机、小米吹风机、科研版定制积木、加湿器、京东卡、订书机套装等 300 份精美礼品！此外，还帮您整理了 2024 质谱技术最新文献以及参考材料，干货满满，免费获取哦！

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「质」耀群星——ASMS 干货盛宴

在今年的 ASMS（美国质谱学会）大会上，众多业内大咖分享了他们在各个领域的应用与突破。帮大家总结了四个高分热门领域的精彩内容：

● 蛋白质组学突破：哈佛医学院、分子病理学研究所等机构的专家一起讨论了【蛋白质组学的最新应用，包括单细胞蛋白质组学到免疫肽组学】的重大突破。

● 代谢组学与脂质组学进展：Metabolon、MD Anderson 癌症中心等的领先研究者分享了【代谢组学和脂质组学的最新技术，包括小分子的全面表征和定量】方案。

● 临床与转化研究创新：来自 AZ、C2N Diagnostics 等专家发现在【阿尔茨海默病、肿瘤学和糖尿病等领域的诊断】研究中的创新。

● 加速制药研究：伯明翰大学的 Helen Cooper 博士和 Genentech 公司的 Christopher Crittenden 博士共同探索【药物和生物制药研究的创新工具】。

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「质」引前沿——精华文献解读

《Systematic Optimization of Automated Phosphopeptide Enrichment for High-Sensitivity Phosphoproteomics》

期刊：Mol Cell Proteomics

研究团队通过优化自动化磷肽富集的实验参数，提高了高灵敏度磷酸化蛋白质组分析的覆盖度、稳健性和灵敏度，并将磷蛋白组覆盖度提高 20%。

通过 Orbitrap Exploris 480 质谱仪半小时内可靠地鉴定出 16,000 个磷肽段，而使用 Orbitrap Astral 质谱仪和 0.5 百万 HeLa 细胞时，这一数字增加到 32,000 个。质谱技术在本研究中发挥了核心作用，它不仅用于鉴定和定量样品中的磷肽段，还用于确定磷酸化位点的精确位置。通过质谱分析，研究人员能够从极少量的细胞样本中获得深入的磷蛋白组信息，这对于理解细胞信号传导途径中蛋白质磷酸化修饰的动态变化至关重要。[1]

《Global, site-resolved analysis of ubiquitylation occupancy and turnover rate reveals systems properties》

期刊：Cell

研究团队系统分析揭示了泛素化修饰在细胞内的全局特性，揭示了泛素化位点的占据率和周转率的系统特性，同时为开发针对特定疾病的治疗策略提供新的视角。

在研究中，团队通过质谱鉴定和量化泛素化位点。通过使用串联质谱（MS/MS），研究人员能够精确地识别和测量蛋白质上的泛素化修饰，包括泛素化位点的占据率和周转率。此外，质谱技术还用于分析蛋白质在经过特定抑制剂处理后的泛素化水平变化，从而揭示了泛素化修饰在细胞信号传导和蛋白质降解中的作用。通过定量质谱，研究人员能够对泛素化修饰的动态变化进行深入分析，为理解细胞内泛素化依赖的调控机制提供了重要信息。[2]

《Evaluating the capabilities of the Astral mass analyzer for single-cell proteomics》

期刊：bioRxiv

研究中使用了细胞周期细胞 HEK293 以及原发性急性髓系白血病 Acute Myeloid Leukemia，（AML）培养模型，用 Orbitrap Astral 高分辨质谱仪仪器在单细胞蛋白质组学检测上的表现。从鉴定结果来看，Orbitrap Astral 高分辨质谱仪在保持高质量数据的前提下（大多数蛋白的 cv 值均小于 20%），与 Orbitrap Eclipse 相比，其蛋白鉴定数增加了一倍。

测试来源相似的高度相似细胞的细胞异质性的能力，对从 4 个群体中分别获得的 54 个 AML 模型细胞进行检测，在细胞群中鉴定到了 3,892 个蛋白，每个细胞平均鉴定出超过 2,000 个蛋白。对 Orbitrap Astral 高分辨质谱仪鉴定到的蛋白进行分析，很大一部分都是中低端丰度的蛋白，其中所鉴定到的转录因子增加了接近 8 倍，激酶数量增加了 2 倍。

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参考文献：

[1] Bortel P, Piga I, Koenig C, Gerner C, Martinez-Val A, Olsen JV. Systematic Optimization of Automated Phosphopeptide Enrichment for High-Sensitivity Phosphoproteomics. Mol Cell Proteomics. 2024 May;23(5):100754. doi: 10.1016/j.mcpro.2024.100754. Epub 2024 Mar 27. PMID: 38548019; PMCID: PMC11087715.

[2] Prus G, Satpathy S, Weinert BT, Narita T, Choudhary C. Global, site-resolved analysis of ubiquitylation occupancy and turnover rate reveals systems properties. Cell. 2024 May 23;187(11):2875-2892.e21. doi: 10.1016/j.cell.2024.03.024. Epub 2024 Apr 15. PMID: 38626770; PMCID: PMC11136510.