蛋白纯化出现了两个条带，怎么回事呀？

蛋白在真核表达，FLAG磁珠纯化后，跑胶出来了两个条带，小的大约35kD，与目的条带大小相符，大的大约39kD，并且比目的条带要浓，请问怎么回事？

但是做WB只有一个条带了，用的是同一批样本。

技术说是有杂蛋白结合到目的蛋白了，跑胶过程变性还原所以分开了，这种情况应该怎么办呀？我想要纯度比较高的蛋白做下游实验。