请教为什么系统进化树的bootstrap值很低

刚开始做系统进化树，请教大家为什么blast同源性P值都是80-90%的序列但是自展值这么低，还有0的。。。

我用的软件是mega6.0，序列比对裁剪过。

自己的样本有100个左右，blast出50种型别，然后在ncbi上下载每种型别的参考株序列进行多序列比对裁剪，但是构建的进化树bootstraps值却很低，请问是为什么呢？