利用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制人类骨髓龛的细胞生物地理学图谱

2024年5月2日《Cell》发表一项研究：非造血细胞是造血的重要组成部分。然而，这些细胞在人类骨髓中的异质性和空间组织在很大程度上仍未得到表征。我们利用单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）分析了 29,325 个非造血细胞，发现了九种转录不同的亚型。我们同时分析了 53417 个造血细胞，并预测了它们与非造血细胞亚群的相互作用。我们利用索引共同检测（CODEX）对 120 多万个细胞进行了空间分析。我们整合了 scRNA-seq 和 CODEX 数据，将预测的细胞信号传导与空间邻近性联系起来。我们的分析揭示了早期骨髓造血的高氧动脉内膜邻近地区，以及早期造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的脂肪细胞定位。我们利用 CODEX 图集对新图像进行了注释，发现了间充质基质细胞（MSC）的扩增以及急性髓性白血病（AML）患者样本中白血病胚泡和间充质基质细胞共同富集的空间邻域。这种空间分辨的人类骨髓多组学图谱为研究驱动造血的细胞相互作用提供了参考。