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构建质粒还没成功吗,快来看我填的坑……

发布于 2024-03-29 · 浏览 939 · 来自 iOS · IP 浙江浙江
这个帖子发布于 1 年零 49 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
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1:提取质粒浓度太低:质粒分为低拷贝和高拷贝质粒,如果质粒浓度太低,但是能确保质粒是正确的情况下依旧可以往后做,一次性可以提取多管,全部用于后面的酶切。

2:PCR连接产物:一般采用无缝克隆进行pcr,引物会根据酶切位点前20个碱基+酶切位点+插入序列引物去设计,会引物的Tm值会非常被动,我的引物,上游50°,下游70°,需要跑一个梯度PCR,确定一个最佳TM,再去跑PCR纯化。酶建议用PCR高保真酶,不然很容易碱基突变。

3:酶切:一定要选择正确的酶(根据snapgene上的确认只有一个酶切位点),温度如果不一样,先低温切在高温切。关于酶切的体系,因为我的酶比较贵,所以没有按照说明书上的体系,我是加定量酶之后,疯狂加质粒(超过推荐体系的量是没关系的),体系直接扩大到400ul(酶只加了4ul),酶切一小时。

4:跑胶酶切:大载体和pcr连接产物都是采用切胶回收,这样纯度高。

5:无缝克隆试剂:我用的是无连接酶的无缝克隆试剂,可以防止载体自连。关于无缝克隆的原理可看试剂盒说明书,也看09年的原文Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases 写的很详细。

6:转化进入感受态:电转和化学转,电转效率高(也可能出现返璞归真,化转效率高),感受态细胞放在冰上融化10min,电转杯(电转杯厚度请看清楚)提前放进冰箱,电转务必擦干净电转杯,电转杯在电压杯里面的放置位置可别弄反了。Ps:如果电转做不出来,请毫不犹豫改用化学转,会有不一样的惊喜~

7:涂布:涂布说来简单,可踩了不少雷,板子上一直出现菌膜,先说结论:长菌膜最可能是板子抗生素失效了(在我看来就只有这一种可能)。我尝试过是不是因为细菌培养的湿度太高,板子没烘干…等等各种都试过一直还是有菌膜,还去了解到氯霉素抗生素分为左旋和右旋,左旋是具有抗菌性质的,但是抗生素试剂也是没问题的,用了其他同学的板子却没有出现这种问题,后来才发现我和其他同学的抗生素用的品牌不一样,我那个抗生素还没过期(阿某丁牌),但是已经失效了。配置培养基加药小tips:灭完菌建议放进烘箱温度为50,等培养基温度恒定在50,可以直接加药,板子倒的也好看哟~

8:转化出来的菌落pcr: 假阳性:无缝克隆载体自连是有可能的,还有假阳性可能是因为在涂布的时候含有你转化加入的片段。

9:测序结果:测序失败:送菌的话,测序公司有可能提质粒就会出现问题,如果自己确定能p出来条带很亮,建议自己提质粒再送去测序。或者换个测序公司(qk公司经常测不出)

重叠峰:有可能出现菌落污染了,要挑单菌落,或者是引物污染了(或者引物具有非特异性),重新合引物测序。

最后就是测序成功啦~~愿每一个构质粒人都能顺顺利利~

最后编辑于 2024-03-29 · 浏览 939

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