质粒构建问题

请问各位老师们一个困扰已久的问题，就是酶切后的载体和目的片段连接后，转化挑菌拿目的片段的引物pcr是阳性，但是用质粒的通用引物去pcr条带大小和普通的一样这是什么没连接成功吗？这种情况是为什么呢？理论上没连接上的目的片段不应该会游离存在吧。