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如何正确使用MIMIC数据库?

心血管内科医师 · 发布于 2023-08-29 · IP 江苏江苏
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这个帖子发布于 2 年零 78 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

MIMIC 数据库是面向全球科研人员公开的公共大型临床数据库。详细记录了患者的人口统计学信息、实验室指标、用药情况、生命体征、手术操作、疾病诊断、药物管理、生存状态等详细信息,包含了多种类型ICU(外科监护室、内科监护室、创伤外科监护室、心脏病监护室、心外恢复监护室)的入住信息。

现在最新的MIMIC数据库版本是MIMICIV,数据版本是2.2版本。因为MIMIC数据库申请流程比较长,数据库安装也比较容易出错,为了让大家可以提前体验到这个临床医疗公共数据库,小编已经把我安装好的数据库免费提供给大家使用,详见:

MIMIC数据库无需申请也可以使用了!

使用该数据库,需要账号密码,大家如果想使用,私信给小编即可,每个账号都是独立的,请勿将自己的账号转给他人使用。

上周已经有很多粉丝跟小编索要了账号密码,但是粉丝们在使用的过程中,也遇到了一些问题,为了方便粉丝们的使用,小编总结了使用该数据库的正确方式,方便大家能够快速的提取需要的数据。

一,下载pgAdmin软件

有几个粉丝跟我说,登陆系统的时候账号密码错误,如下图:

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错误原因是粉丝登陆错了系统,以上系统是小编自己做的一个mimic后台管理系统,暂时未对外开放。

正确登陆方式是先下载postgres数据库客户端管理软件pgAdmin,然后从客户端管理软件登陆。

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postgres数据库官方推荐的客户端软件是pgAdmin,大家可以在pgAdmin官方网页下载,也可以后台留言“001”,获取小编使用的pgAdmin。

官方下载地址为:https://www.pgadmin.org/download/pgadmin-4-windows/

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二,登陆mimic数据库

下载安装好pgAdmin软件之后,就可以使用pgAdmin连接mimic数据库了。

1,打开pgAdmin,然后鼠标右键“Servers”,选择“Registrer”,选择“Server”

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2,在General页面填写数据库名称,名称可以填写“科研分析”。

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3,在Connection页面填写小编发给你的数据库地址,端口,用户名,密码,特别注意的是Maintenance database 需要填写“mimiciv”,这一步如果任何内容填错了,数据库都会连接不成功。

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4,点击确定后,就可以连接到mimic数据库了,在mimic数据库的Schema下可以找到小编已经安装好的4个模块,分别是mimiciv_derived,mimiciv_hosp,mimiciv_icu,public模块。

其中mimiciv_derived存放的是官方的物化视图

mimiciv_hosp存放的是患者的入院数据

mimiciv_icu存放的是患者入ICU的数据

public模块是postgres数据库自带的模块,小编用来存放小编的汇总表数据。

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三,提取mimic数据

1,提取数据,连接到mimic数据库之后,就可以根据自己的需要编写数据提取代码,提取自己想要的数据了,首先鼠标选中mimic数据库,然后点击上方的小箭头,就可以打开代码输入页面。

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2,执行代码,在代码编写页面,编写好代码之后,点击上方的执行按钮,就可以执行代码提取数据。如果你只是选中了部分代码,则点击执行按钮之后,只会执行你选中的代码,如果没有选中代码,则点击执行按钮之后,就会执行页面内的所有代码。

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没有选中代码,则执行页面内的所有代码

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3,导出数据代码执行完毕之后,就可以点击下载按钮下载提取到的数据。

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四,pgAdmin设置

1,设置成中文,点击pgAdmin-Preference-Miscellaneous-Language可以将软件设置成中文

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2,自动完成功能,windows系统下同时按下Ctrl+空格键,就可以触发自动完成功能,这对输入比较长的表名或字段名非常有用。

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五,连接丢失

如果长时间没有操作,数据库会自动将连接断开,以回收有限的数据库连接,出现如下图所示的弹窗,就表明这个连接已经被服务器断开了连接,此时,需要把这个查询页面关闭,然后重新打开一个新的查询页,才可以继续执行代码。

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大家在使用mimic数据库过程中,遇到其他问题请后台留言给我。

原文地址:

如何正确使用MIMIC数据库

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