flowjo软件安装+凋亡分析实战教程

1 背景知识介绍

1.1 flowjo简介

FlowJo™软件是单细胞流式细胞术分析的领先平台，可帮助您快速有效地处理数据，具有免疫分型，细胞周期分析，增殖，动力学研究，定量群体比较，高维分析等功能（Cited： https://www.flowjo.com/solutions/flowjo and https://f.hubspotusercontent20.net/hubfs/2566672/Marketing/Flowjo_Introduction.pdf）

2 安装flowjo软件

2.1 解压文件

压缩文件

文件放在公众号的链接中（如有侵权立即删除）。

2.2 操作说明（里边包含了安装方法，可以忽略）

（Ⅰ）

（Ⅱ）

2.3 生成可用flowjo

（Ⅰ）双击

（Ⅱ）点击“Patch”

（Ⅲ）点击“Yes”

（Ⅳ）提示安装成功

2.4 打开flowjo软件

在解压的文件中找到“FlowJo_V10_CL_Diag.exe”，并以管理员身份运行，建议创建快捷键方式，并粘贴到桌面，以便后续快捷使用。

（Ⅰ）找到应用程序

（Ⅱ）以管理员身份运行               （Ⅲ）创建快捷方式（s）

打开以后，不要安装新版本（点击“No”即可）

（完成如上步骤，已经表明拥有一个可以使用flowjo软件）

3 flowjo分析实操

3.1 flowjo打开界面

根据提示“Drag Samples Here”，软件的意思就是让操作者将流式获得的.fcs文件拖拽进来即可。

3.2 数据载入flowjo软件

根据上述提示，将需要分析的.fcs文件拖拽进flowjo软件，如下图红框所示，里边包含了NC (对照) - Treat 1（实验组 1）- Treat 2（实验组 2） （文件只能读取流式操作人员修改的名字，这里的NC- Treat 1- Treat 2是我修改的，但是软件里边无法修改，因此在流式上机的时候务必确定工作人员录入正确的组别）。

3.3 使用flowjo打开数据

打开方式是双击每一个文件，即可得到后边常见的流式散点图；并调整横坐标为“FSC-A”,纵坐标“SSCA”，正常情况下我们大概就能够看到细胞凋亡和损伤情况；

3.4 flowjo选择需要分析的细胞群

选择右图的散点图中的不规则选框（左下图），进行细胞的选择-就是把细胞用非规则选框选中即可（选择完成以后，出现的提示，点击“OK”即可），最终呈现效果。

（Ⅰ）选择不规则选框                （Ⅱ）完成细胞选择

（Ⅲ）最终呈现效果

3.5 批量处理数据

将刚才处理的数据得到的“Lymphocytes”拖拽到“all samples”即可。

最终所有的图片将呈现，第一个处理的数据相同结果，其中的数字可知被选中的细胞占比。

3.6 象限划定准备

首先将三个“Lymphocytes”双击打开，同样地调整横坐标为“FSC-A”,纵坐标“SSCA”，如下图所示；

3.7 圈定象限

圈定象限，我们以NC组作为参考，默认为NC组大部分细胞是活细胞（当然也存在早凋-晚凋-死亡细胞），因此象限的圈定对分析数据十分重要；完成象限的圈定后，回到flowjo软件操作界面，将右图红框的象限圈定命令全部选中并拖拽到“Lymphocytes”

（Ⅰ）十字门圈定细胞想象                （Ⅱ）批量处理

3.8 数据（数值+图片导出），“flowjo- layout editor”

（Ⅰ）打开“layout editor”

（Ⅱ）将“Lymphocytes”拖拽到右边工作台

（Ⅲ）点击“create batch report”即可得到批量数据

（Ⅳ）“file- save image- JPG 或者PDF ”，完成图片导出

3.9 将最终的四个象限（Q4活细胞+ Q1死细胞+ Q3早凋+Q2晚凋，其中凋亡=早凋+晚凋）的数值（直接使用百分比，比如0.57，直接录入0.57即可）录入到Excel中，进行统计分析即可。

3.10 工作台的保存

Flowjo软件界面-save-选择位置-命名，即可！

4 下载地址

下载地址（链接: https://pan.baidu.com/s/1MsgWcwYnkmGQiwmk2AxgWQ 提取码: 3773 ）

（写在最后，欢迎转载与引用，传播科学价值!!!）