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MIMIC-IV-2.2数据库安装脚本(MacOS版)分享

心血管内科医师 · 发布于 2023-02-14 · IP 北京北京
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这个帖子发布于 2 年零 266 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

1.HOSP、ICU模块需要使用压缩格式的文件数据(从MIMIC-IV官网下载的数据,Mac是gz格式, https://physionet.org/content/mimiciv/2.2/

img

2.脚本也是官网下载的( https://github.com/MIT-LCP/mimic-code

img

3.确认mimic文件数据和脚本文件的位置(不知道文件位置的,将文件拖到终端里就可以得到)

4.打开postgrelSQL

img


前4行按回车,然后输密码

DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv2;

CREATE DATABASE mimiciv2 OWNER postgres;

\c mimiciv2;

\i /Users/......./Desktop/postgres/create.sql; (create.sql的文件位置)

img

\set ON_ERROR_STOP 1

\set mimic_data_dir '/Users/......./Desktop/mimiciv' (存放mimic数据的位置)

\i /Users/........./Desktop/postgres/load_gz.sql; (load_gz.sql的文件位置)

导入数据,大概要等几个小时

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\i /Users/......../Desktop/postgres/index.sql; (导入索引,比导入数据时间短点)

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\i /Users/......../Desktop/postgres/constraint.sql; (约束)

img

\i /Users/......./Desktop/postgres/validate.sql;(确认)

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安装结束

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