【分享】怎么查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点 | 环状RNA

首先我们了解一些基础知识启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。

转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。UTR（Untranslated Regions)：即非翻译区，是信使

RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。

5′-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3′-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。

查找基因的启动子区域-NCBI

1. 打开PubMed： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

2. 选择Gene，输入IL17A，点击search，结果如下图，点击第一个：

3. 下拉到下图位置，可以看到该基因的以下信息：

点击Tools，选择 Sequence Text View：

还可以看到如下序列信息：

4. 以上只是该基因的一些信息，可以用于查找相应的UTR等区域，下面进入正题，寻找promoter区域。还是拉到如下图位置，点击FASTA：

5. 基因位置信息如下图：

6. 一般认为基因上游2 kb区域为该基因的promoter区域，所以将基因上游2 kb序列调出来：

7. 复制上述序列就是基因的启动子序列了。

查找基因的启动子区域-UCSC

1. 打开UCSC： http://www.genome.ucsc.edu/ ，点击Table Browser：

2. 按照下图所示填好基因相关信息，点击get output：

3.选择genomic：

4. 勾选Promoter/Upstream by选项，并将其改为2000 bases，然后点击get sequence：

5. 得到下面的序列信息，开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列，你可以跟NCBI上得到的序列比对一下，看看是不是一样的呢？

6. 当然查找promoter的网站有很多，比如UCSC，在这里就不介绍了，大家可以自行探索。

转录因子结合位点的预测

1. 打开 http://jaspar.genereg.net/ （我这边这个网址暂时打不开了，所以我登录了这个网址： http://jaspardev.genereg.net/ ），输入转录因子NFAT，点击Quick Search：

2. 将promoter序列粘贴进入右下角的框中，选中左侧转录因子，点击SCAN：

3. 得到28条转录因子 NFAT 与 IL17A 的结合位点，其中Strand -1没有特殊意义，只需选择Strand 1 即可。

4. 好了，转录因子与promoter结合位点已经有了，接下来就是愉快的通过实验验证了！Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了！

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