基因编辑/转基因小鼠构建相关问题

1.关于参考序列问题：ensemble和NCBI对同一基因的mRNA剪接变体预测不同，就比如有一个基因A，ensemble上面预测有7个mRNA，但只有一个是protein coding的，而NCBI上面给出好几个，而且都有CDS。我们想要彻底敲除一个基因，希望选择所有简介变体共有的位点进行编辑以破坏所有剪接变体的表达，这种情况如果仅参考ensemble上的序列是不是有敲不干净的风险? 怎么避免这种情况呢，或者说哪个网站是最权威的？

2.关于RNA剪接：小幅度基因编辑会影响RNA剪接位点么？就比如我要构建一种条件缺陷性小鼠，我们目前的策略是在一个外显子两侧的内含子上加loxp序列，但这样会不会影响mRNA的剪接，如果影响的话，mRNA无法正确剪接后形成了无法正常转录的mRNA，那这种鼠是不是就成了全身性缺陷小鼠？怎么能避免这种情况发生呢？

3.外显子上面的基因插入会影响mRNA剪接么，比如我想要在某个基因的最后一个外显子终止密码子之前加上一段荧光序列（GFP等，还挺长的。比如接近或超过上千bp），这样还能正确剪接么？