送测代谢样本前该做的功课和准备。
老板让找送测样本的公司,首先是网上搜索还是听师兄师姐推荐呢?其实都不是最好的方法,网上的宣传能信个50%就不错了,同组推荐那当然是有的说好的有说坏的甚至带有很大的主观因素,所以找检测公司这是得像做市场调研一样得认认真真得搜罗一遍,毕竟样本得收集不仅仅投入了时间和精力,在送样前用的试剂耗材已经花了老板不少钱了,最后还整不出结果,你说老板不冲你发火冲谁呢? 于此,有几点小经验分享给大家。
一、实验设计
想清楚为什么做代谢组学?希望通过代谢组学分析解决什么问题?是前面实验结果提示需要代谢组学验证还是单刀直入直接先打质谱看机体的代谢情况。送样前需要知道该选用什么样本类型,评估造模模型是否成功;临床样本必须卡的指标以及分组依据是哪些,然后就是代谢的样本量及重复数的问题,如果一个公司参与过高分文章的发表,而且文章中有自己的实验可以借鉴的地方,那么公司是可以为自己的实验设计提供一些意见;此外,如果样本除了用作代谢组学分析外,还用于其他检测,则最好在取样时将样本进行单独分装(具体用量可以咨询公司)。尽量不要把所有样本都寄给公司,测试完再将剩余样本寄回,太耽误时间。
二、检测方法
这个上一篇已经比较详细的介绍过非靶向、拟靶向、靶向绝对定量。至于选什么方法根据真实需求来,如果研究的动物模型文献报道很少,不知道会引起哪些代谢物改变,那就选非靶向或者拟靶向,如果有关注的代谢或者类别可以直接选择高通量靶向绝对定量。值得注意的是,不管靶向还是非靶向最后都是有筛差异代谢物的过程,区别主要是前期检测的数据可靠性,这也是为啥非靶向和拟靶向最后需要做靶向验证的原因。不同的检测方式,价格也是有区别的。
三 你的需求
在与公司沟通的过程中,一定要多提要求,自己能想到的问题都可以与公司沟通(像公司发表的客户文章、定量方法,是否有方法学文章,非靶向是否正负离子模式同时扫,数据库及检出数、检测平台,周期,分析的内容,重点关注的代谢物、售后服务、报价等)切忌将样本交给公司后,什么要求也不提,这样一方面会影响自己后续的进度,另一方面感觉公司也会很头疼。因为组学实验中得到原始数据后,通常可以从不同的角度来进行数据分析和解释,如果不把自己的要求交代清楚,公司通常也只能提供一个"标准"的报告。
若是刚刚接触代谢组学,在阅读文献的时,可以将文献中对自己的实验描述或者解释有帮助的图表粘贴在一个文档中。在与公司沟通时,可以直接将这个文档发给公司,询问是否可以作出类似的图表。这个可以更加高效无误处理你的需求
四 、最后的最后
代谢组学往往是科研工作者研究中的一小部分,主要的文章写作、构思、结构搭建。还是由科研工作者完成。公司的主要任务是保证检测方法稳定可靠,提供的数据准确真实,科研公司会的只是你研究的一小部分,所以要把握项目节奏,和检测公司随时沟通跟进。
最后编辑于 2022-11-28 · 浏览 910