用LC-MS做成分分析

现在在用液质联用的方法对中药提取物进行成分分析，目前是在对未知化合物的结构进行确定比对，用的赛默飞的机器，如果一个化合物对应几个母核相同，结构相同，取代基相同但取代基位置不同时应如何确定结构？

研究生一年级刚刚开始接触 有很多不懂的地方 还请各位大神多多指教 有相关的辅导书或者论文也希望您能推荐给我，非常感谢。