21年最新m6A分析思路

m6A自从12年逐渐火热开始，到目前为止，各大高水平杂志都有m6A的身影。以纯生信角度来说，m6A的研究最高发到了15分的杂志。尤其是去年，各类m6A的生信分析思路层出不穷。就21年来说，目前为止最高水平的生信文章应该是那篇15分的MC。当然，动不动就以纯生信上10+也不是那么容易的事，所以今天为大家分享一篇疾病m6A的生信分析思路先练练手。

文章四月份发表在JOURNAL OF CELLULAR AND MOLECULAR MEDICINE（IF: 4.486）。

m6A regulator-mediated RNA methylation modification patterns are involved in immune microenvironment regulation of periodontitis

m6A调控子介导的RNA甲基化修饰模式参与了牙周炎免疫微环境调控

摘要：

牙周炎是在牙周支持组织中发生的一种慢性炎症，是由对牙菌斑中细菌的炎症反应引起的。此外，牙周炎已被证明是其他全身性疾病的潜在致病因素，例如糖尿病，心血管疾病和类风湿性关节炎。最近的研究表明，m6A调控可以解释免疫调节的一些潜在机制。在这项研究中，作者系统地评估m6A调控子在牙周炎中的修饰模式。研究发现，m6A调控子可以很好地区分健康样本和牙周炎样本，并且识别了具有不同免疫特性的m6A修饰模式。

材料方法：

GEO，STRING，PPI，LASSO，ssGSEA，ImmPort，ConsensusClusterPlus，GSVA，WGCNA。

结果：

1.健康和牙周炎患者间m6A调控子landscape

图1.牙周炎m6A RNA甲基化调控子表达landscape

2.m6A调控子参与牙周炎发展过程

图2.m6A调控子能区分健康和牙周炎患者

3.m6A调控子与牙周炎免疫特征关联

图3.浸润性免疫细胞、免疫反应基因集与m6A调控子的相关性

图4.健康和牙周炎样本中各免疫微环境浸润细胞丰度的差异

图5.HLA与m6A调控子相关

4.牙周炎中由23个调控子介导的m6A修饰模式

图6. 23m6A调控子无监督聚类

5.不同m6A修饰模式的免疫微环境特征

图7.不同m6A修饰模式免疫微环境特征差异

6.3个m6A修饰模式生物学特征

图8.不同m6A修饰模式免疫微环境特征差异

图9.牙周炎中m6A表型相关基因的识别与功能分析

总结：

以去年的m6A研究趋势，现在想在生信上找到新颖的思路实在是太难了。以大家做科研的效率来看，稍微慢了点，自己的思路就被别人抢先发表了。但是，办法总比困难多，除了高水平的泛癌分析文章，今天这篇m6A相关的分析思路，思路清晰，角度新颖。如果有能力加入湿实验验证，基本就奔着6+去了。

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