泛素化研究用哪个数据库？

泛素化的过程通常是经由泛素—蛋白酶体系统（ubiquitin-proteasome system，UPS）进行介导，UPS中含有多个关键的组分，包括泛素分子、泛素激活酶（ubiquitin-activating enzymes, E1s）、泛素结合酶（ubiquitin-conjugating enzymes, E2s）、泛素蛋白连接酶（ubiquitin-protein ligases, E3s）、去泛素化酶（deubiquitinating enzymes, DUBs）以及蛋白酶体。泛素激活酶E1s在泛素化反应的起始步骤发挥作用，它可以结合并激活泛素分子。泛素结合酶E2s是泛素化反应的中间酶，被E1s酶激活的泛素分子可以与E2s上的半胱氨酸位点结合并形成硫酯键，随后与泛素蛋白连接酶E3s相互结合并将结合在自身的泛素分子转移到底物蛋白上，完成底物蛋白的泛素标记。在整个泛素化过程中，泛素蛋白连接酶E3s发挥着最关键的作用，它可以特异性地识别靶蛋白质，将泛素分子转移到底物蛋白上。说到这里是不是有小伙伴已经感觉到眼花缭乱了呢？总而言之，大家认识到泛素化是一个沿着E1s--E2s--E3s酶发挥作用的过程就好了，而去泛素化酶DUBs则可以移除蛋白质上的泛素化修饰，进而改变蛋白质被降解的命运。

类泛素化过程 (ubiquitin-like conjugation)，它在细胞内的反应过程与泛素化非常相似，只是参与反应的是其他的小肽分子（非泛素分子），通过类似的E1s/E2s/E3s 被修饰到靶蛋白上，其中就包括大家所熟知的sumo分子、NEDD8分子等。类泛素化由于与泛素化的反应过程相似，将在iUUCD数据库的使用介绍中一并说明。泛素和类泛素化（UB/UBL）调控多种细胞反应，包括蛋白质的降解和转运、细胞间的信号转导、细胞周期以及DNA的损伤修复。泛素化的功能失调则会引起多种机体病理变化，包括肿瘤发生、神经退行性病变以及心脏疾病等。在这些过程中，除了前文介绍的这些酶和效应蛋白，许多带有UB/UBL结合结构域（UB/UBL binding domains, UBDs）或类泛素结构域（ubiquitin-like domains, ULDs）的蛋白质也发挥着重要作用。

iUUCD数据库全称为integrated annotations for Ubiquitin and Ubiquitin-like Conjugation Database，主要聚焦于蛋白质泛素化及类泛素化数据的整合，目前对所有用户免费使用。网址：http://iuucd.biocuckoo.org/。

iUUCD数据库由华中科技大学薛宇教授课题组构建，早在2013年他们就开发了iUUCD数据库的前身----UUCD 1.0，其中包含了70种真核生物738个E1s， 2937个E2s，46, 631个E3s以及6647个DUBs。几乎同一时间，Hutchins等人构建了DUDEdb数据库，从50个基因组中鉴定了35, 228个泛素化酶（ubiquiti-

nating enzymes，UBEs）和DUBs，并分析了真核生物体内泛素化系统的进化史。但是UBDs和ULDs蛋白并未囊括在其中。哈里森等人于2016年首先构建了UbSRD数据库，包含了509个含有UBL结构域蛋白质的3D结构，而UBDs和ULDs蛋白同样未纳入其中。因此，更新后的iUUCD数据库提供了更全面的资源，包括已知文献报道的27个E1s、109个E2s、1153个E3s、164个DUBs、396个UBDs以及183个ULDs，并将其分别分为了1，4，23，8，27以及11个家族。值得一提的是，iUUCD数据库额外从其他68个公共数据库中整合了这些蛋白的详细注释。