蛋白质组学搜库软件推荐及部分教程

2018年7月随手放了一个Maxquant软件的简易教程，万万没想到有1w+的访问量。感受到了大家对数据分析的需求，所以，我决定从今天开始，以中文描述的形式慢慢更新一些蛋白质组学相关内容。这个帖子主要内容围绕软件的推荐，因为考虑到绝大多数是“非RMB”玩家，所以主要会放一些公开免费软件的使用教程。至于收费软件，各自公司都有较为完善的培训体系，买了软件自然也就有教程了。只要钱到位，玻璃全干碎，只要有钱，你不会搜也会有人帮你搜哦，我也可付费搜库，不过我很贵。

软件主要根据数据采集的模式进行分类

DDA、DIA、PRM/MRM

DDA主要的搜库软件最常用的是Maxquant，功能也是最强大的，包括4D-proteomics也可以搜。近年来我们也会使用pFind，速度更快，鉴定量也是比较可观。对于timsTOF的数据，也会采用MSFragger进行搜库。

DIA的搜库软件相对于DDA来讲会少一些，但是最近DIA领域发展态势良好，也有很多可以用的资源。这里推荐一篇综述，来介绍DIA各种工具的，Data‐Independent Acquisition Mass Spectrometry‐Based Proteomics and Software Tools, 2020. 相对于DDA直接搜fasta file，DIA的搜库目前有两种方式，一种是library based，一种是library free的方法。对于library based的方法，还需要一步建库，也需要用到DDA相关软件。DIA方法，目前应用广泛的软件是openSWATH，DIA-NN（多种模式）等。

靶向蛋白质组学PRM/MRM主要采用的分析软件是Skyline。

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因为这个话题的描述是一个比较大工程，因此，我会分期完成。择期持续更新，如有对某些软件感兴趣，可以提出来，如果我用过也会优先更新。