PubMed检索简介

一、概况
    （一）简介
    自1994年第一个WEB界面的free MEDLINE在互联网出现以来，这样的网站已经达几十个。PubMed自1997年6 月在网上免费开通，并不断更新，成为使用率最高的free MEDLINE。
    PubMed 是由美国国家医学图书馆NLM、 国家生物技术信息中心NCBI与生物医学文献出版社联合出版社开发的一种检索系统，能够同参加系统的全部出版社全文期刊链接，文献更新及时，因而受欢迎。
  PubMed的网址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed。
  （二）PubMed的文献收录范围为
  MEDLINE : 基本内容与光盘相同，周更新。
  In Process Citiations : 未经标引，每星期标引后删除。
  Publisher Supplied Citations : 出版商向PubMed传送的记录，绝大部分被MEDLINE收录，收录后进入In Process Citations, 也有不收录部分。不收录部分包括：选择性期刊的非医学文献、PUBREF、及某些期刊被的被MEDLINE引入以前的过刊部分。
（三）MEDLINE光盘与PubMed的不同：
  PubMed文献更新快。
  PubMed收录范围更大。
  PubMed相关链接点多。
  PubMed为用户提供的功能更强大 ：如自动转换检索词、临床询问等。
  MEDLINE光盘在局域网或单机，速度较快，网络连接与信息提供有保证。
  MEDLINE光盘检索式更灵活。
二、检索系统
（一）主页介绍
包括左侧栏、检索区和特色功能栏，
1、左侧栏:
（1）Entrez PubMed
  Overview : 数据库描述
  Help/FAQ : 帮助与解答
  Tutorial : 学习如何检索
  New/Noteworthy : 动态等
（2） PubMed Services
  Journal Browser : 刊名浏览器
  MeSH Browser : 主题词浏览器
  Single Citation Matcher : 单篇文献匹配器
  Batch Citation Matcher : 多篇文献匹配器
  Clinical Queries : 临床询问 : 为方便临床医生,有临床常用类目,如therapy ; diagnosis ; etiology ; prognosis等,提供Sensitivity(相关文献) ; Specificity(密切相关文献)两种检索方式。
  LinkOut链接
  Cubby ：检索贮藏
（3） Related Resources
  Order Documents : 向图书馆等索要文献
  NLM Gateway : 进入NLM Gateway 检索系统，一个NLM的综合检索系统。
  TOXNET：- A cluster of databases on toxicology, hazardous chemicals, and related areas
  Consumer Health : 进入MEDLINE PLUS，含有非常丰富的医学信息。
  Clinical Alerts : 临床医学快报
  Clinical Trials.gov : 关于临床医学试验数据库
  PubMed Central : 进入没有限制的生物医学全文献期刊
2、检索区
Search下拉菜单选择数据库 ：
    PubMed
    Protein
Nucleotide
    Structure
    Genome
    PopSet
    OMIM
    Taxonomy
    Books
    ProbeSet
    3D Domains
    UniSTS
3、特色功能栏
（1）Limits : 限制字段、有无文摘、出版类型、人或动物、性别、数据库时间、出版物时间。
（2）Preview/Index : Preview 看检索结果的数目及检索式编号，Go可以看到检索结果和具体的文献，Index 提供一个下拉式菜单，可以限定检索词在所有字段还是某一个字段，可以选用逻辑按钮组配检索词。AND、OR、NOT必须大写。
（3）History : 显示检索过程，并可进行组配检索，检索史如无活动一个小时后删除。
（4）Clipboard : 最大可以保存500条记录，一小时后无活动删除。
（5）Details : 显示输入的一个或一组检索词进行转换匹配的详细过程。如输入cancer ct, 点击按钮显示 ：
  (("neoplasms"[MeSH Terms] OR CANCER[Text Word]) AND ("tomography, x-ray computed"[MeSH Terms] OR CT[Text Word]))
(二)检索机制
PubMed设有AUTOMATIC TERM MAPPING 转换功能，可自动将检索词转换成各种索引中相应的词，转换的次序为：
  MeSH转换表 ：主题词、副主题词、款目词、标准书写词、化学物质名称等。
  期刊转换表 ：全称、缩写、标准期刊号
  短语表 ：包括MESH、统一医学语言、化学物质名称、篇名文献中多次出现的短语
  作者索引 ：查作者
检索词间默的逻辑关系为AND，如果在检索短语上加双引号，将视为特定短语进行检索。
（三）  检索结果显示界面
Display : 有11种显示格式，有广泛的链接。
Sort : 可以按作者、期刊名、出版日期排序。
Save : 贮存在本机或直接打开。
Text : 以本文的方式显示。
Clip Add : 将选中的文献加入Clipboard 中。
三、检索方式
（一）基本检索Basic Search
在检索框中输入关键词、著者、刊名、刊名号等检索标识，经自动转换检索。
如检索asthma kamada a(检索A. Kamada的哮喘方面的文献)。
自动转换成 ：(("asthma"[MeSH Terms] OR asthma[Text Word]) AND kamada a[Author])
可与CANCET CT检索例相比较，可见检索词大小写均可，检索效果无差别。
点击DETAILS可浏览经过自动修改的检索策略，对检索结果不满意，可用CLEAR清除。
（二）MeSH Browser : 主题词检索
可以通过左侧栏进入，如输入AIDS检索词后显示 ：
aids is not a MeSH term, but it is associated with the MeSH term Acquired Immunodeficiency Syndrome 是用代参照的一种说明。
Acquired Immunodeficiency Syndrome[Detailed display]
An acquired defect of cellular immunity associated with infection by the human immunodeficiency virus (HIV), a CD4-positive T-lymphocyte count under 200 cells/microliter or less than 14% of total lymphocytes, and increased susceptibility to opportunistic infections and malignant neoplasms. Clinical manifestations also include emaciation (wasting) and dementia. These elements reflect criteria for AIDS as defined by the CDC in 1993.
为AIDS的定义。
    最后显示树状结构
  点击display, 除显示上面内容，还显示副主题词、相关词，还可以选择是否扩展检索，是否限制在主要主题词。
  点击ADD加入检索框，都加入完成后，点击pubmed search进行检索。
四、  相关链接
Linkout : 与外部的链接，如出版社网站的期刊全文、生物数据库、序列中心等。
Related Artecles : 可链接相关记录，PUBMED经过一种计算，按相关度对文献进行排列，原文排列在首位。
以下是各种数据库的链接
Genome Links: 与基因组、染色体图谱数据库链接。
ProbeSet Links: ProbeSet数据库
Nucleotide : DNA序列链接，来自于Gene band、EMBL、DDEJ等。
OMIN Links: OMIN数据库
Popset Links：Popset数据库链接。
Protein : 与蛋白序列链接，主要来源于瑞士蛋白质数据库等。
Structure : 与分子模型数据库链接。