GSEA富集分析-传统GO和KEGG的补充

GSEA富集分析：传统的GO和KEGG分析关心的是基因富集到了哪些具体功能和通路，但是存在的问题是：第一，富集在上边的既有上调基因，也有下调基因，那么这个功能或通路总体上是被激活还是抑制呢我们不得而知。第二，传统的GO和KEGG分析会通过设置一个阈值来卡一下，这种“一刀切”的方式具有主观性，而且只能得到差异表达较大的基因。而我们都知道基因调控在人体当中是层层放大的级联反应，那些源头或上游基因差异表达可能不显著但是往往相当重要，如果通过传统GO和KEGG富集分析这些基因就被排除了。因此传统富集分析存在一些弊端，这些都是GSEA可以解决的问题，是传统富集分析的一大补充。