教你如何在blast上比对shRNA序列
发布于 2020-08-19 · 浏览 3727 · IP 广东广东
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各种教学siRNA和shRNA的帖子中总会提到一句“放在blast”上比对一下就可以了，但是却有好多人不会进行比对，求助帖多，教学贴少。
1，处理获得的序列
当通过各种方法得到的一段shRNA序列（文献、网站查询，公司提供），是一串很长的序列，这段序列直接放在blast上是无法检出结果的。
这段序列里面包含了5’起始克隆位点Agel/EcoRI，正义链，Loop，反义链，和终止子。
当我们要去blast的时候，只保留正义链部分，将起始子（CCGG）至Loop序列（CTCGAG）中间的那部分拿出来即可。
得到序列“CCAGACCACTACTGAATATAA”
2，Blast操作
传送门：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
用Nucleotide BLAST即可
其他数据不需要设置，最后得到的结果中，我们可以看到序列的同源性，分数等。
验证完后，就可以送去公司做shRNA了。
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 3727
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