不做实验发论文，oncomine数据库使用

生信论文的套路

1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
2. 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
4. cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）；
6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。

根据前面生信套路的总结，基因的差异表达是首要任务。差异分析最好的工具就是ONCOMINE和R语言分析GEO或TCGA数据库的数据。

ONCOMINE数据库如何使用呢？结果展示是什么形式呢？

全景的热图和散点图是最常见的。下图是我们在举例中展示的热图和Meta分析散点图，那么，怎样才能做出文章能用的类似图形呢？这里涉及很多步骤，比如注册ONCOMINE数据库（这次介绍），怎样搜索想要的数据，怎样使用PPT做表做图。

ONCOMINE是大型的癌基因芯片数据库，自带分析和统计功能，已经收集了近715个Datasets的86733个癌组织和正常组织的样本数据（包括GEO、TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据）。这些数据都是别的研究组、课题组上传的，而我们只要学会应用和分析这些数据，就可以拿别人的数据，发表自己的文章。

ONCOMINE数据库，概念强大，可以进行META分析，差异分析，共表达分析和Outlier分析等。我们这次重点介绍ONCOMINE数据库及其注册方法。

注册ONCOMINE账号，必须使用非营利机构邮箱注册（edu后缀），使用也是免费的。

点击网址： https://www.oncomine.org/resource/login.html#

进入界面，注册

填写信息，跟平时国内注册网站时一样的，不过要填写英文

信息填写完毕，点击SUBMIT。 注意查阅注册用电子邮箱， 如果电子邮件长时间未显示在收件箱中，就检查下垃圾邮件或垃圾邮件。然后点击链接就可以使用了。邮件包含ONCOMINE数据库的账户和密码。初次登录需要修改密码，修改成功后，邮箱会收到修改密码确认邮件，点击确认即可。

这样就完成了ONCOMINE数据库的注册。

接下来就可以愉快地进行数据分析了。