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高通量靶标相对定量代谢组学发展简介

发布于 2019-12-05 · 浏览 3381 · IP 上海上海
这个帖子发布于 5 年零 157 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

(接上次《非靶标代谢组学那些事》)

        上次我们在技术层面上介绍了非靶代谢组学:非靶代谢组学的原理,检测流程,及结果解读。但在实际工作中,我们为了高效地完成检测工作,我们把非靶代谢组学做了细细的划分,如中药非靶代谢组学,肠菌非靶代谢组学,土壤代谢组学,脂质组学,还有广泛靶标代谢组学产品序列(高通量靶标相对定量代谢组学)。

        今天开始把非靶代谢组学旗下的明星产品给大家逐一给大家做介绍,首先是入门非靶产品——200MRM(动物)高通量靶标相对定量代谢组学。

动物高通量靶标相对定量代谢组学

       200MRM高通量靶标相对定量代谢组学这个产品,相信做代谢组学研究的老师都知道,也是各大代谢组学的服务公司都有的产品(如果不知道,肯定不是代谢组学大牛,如果公司没有这个产品,这公司肯定落后主流很大一截)。名词解释:对200种常见的物质进行定性及半定量检测的代谢组学这些物质都有标品,都摸索出良好稳定的的实验条件,用的一般是LC-QQQ-MS平台,用的是MRM数据监控采集方式

        这200个物质选择有一定要求:

  • 人类(或动物)样本中含有的;

  • 样本中含量较高的;

  • 代谢途径中比较重要的;  

  • 保留时间尽量能够分开的;

  • 能买到标品的;

  • 200其实是虚数,随着检测样品的增多,这个数字在不断增大,但沿用旧称。

    img

       从上表中知,覆盖物质的范围非常广,囊括常见的大部分物质,分布在各个领域中,也分布所有KEGG通路中。这个产品满足对代谢组学初步涉入的研究工作者。

        首先仍介绍一下技术优势:

  • 同时检测200种动物内源性物质;

  • 均基于标准品建库,定性准

  • 结果重复性好

        关于技术路线,以前提及过,这里重提一下,加深印象:样品收集—代谢物提取—LC-QQQ-MS检测—定性及半定量分析—数据处理,如下图:

img

       大家对LC-QQQ-MS应该有印象吧,高通量靶标产品一直在提,它是做靶标代谢组学检测的标配!这里用它做非靶;而放弃使用非靶代谢组学标配的LC-QTOF-MS和LC-QE-MS,WHY?答案就藏在我们用标品时用QQQ做的,QQQ的动态范围非常广,检测的稳定性也比QTOF和QE高。

       MRM这种扫描方式大家还记得不?(不记得翻一下以前的帖子《代谢组学选择合适的扫描模式》)这种方式对已知物质的检测非常仔细彻底,不遗漏(稳定性高是有原因的)。

        这里虽然没有用标品,但参数依然在(标品留下的),检测方法依然相同(标品留下的),所以检这种检测方法完全可以看成高通量靶标代谢组学,只是少了一块——标准曲线制备。从这里可以看到200MRM广标代谢组学检测的准确性,它降低了那些需要精准定性但不必精准定量的检测,而临床研究或一般科研中,我们都是两组或几组间比较,这状况恰好对应着这个产品

        一句话,如果大家对代谢组学刚刚入门,没有明确研究方向,大胆选它;如果大家的样品比较珍贵稀少时,优先选它;如果是临床科研找一些疾病的机理,优先选它;如果一般科研中通过两三组动物间比较找内在机制,优先选它。(临床上找biomarker,早入可考虑,晚入可参考)。


         下面我们将介绍另一种产品——类黄酮高通量靶标相对定量代谢组学,敬请关注!

最后编辑于 2019-12-19 · 浏览 3381

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