如何选择肠道菌群的研究手段（二）——宏基因组 【肠菌研究方法系列讲解】

宏基因组

         宏基因组(Metagenome)：生态环境中全部微小生物的基因组。从定义能理解下图：宏基因组测序方法是把所有微生物的DNA信息，打断后把所有序列信息测出来，从而能得到比16S更丰富的信息：除了物种组成和丰度外，还能对菌株的功能进行分析。

           对宏基因组的应用做一下举例说明吧：

1. 挖掘降解基因和功能菌株，进行生物修复

2. 获取任何序列的基因或功能，由此合成新物质或发现新的生物物种。

3. 发掘极端环境为生物的新物种，了解其耐受机制，帮助极端环境的污染修复。

4. 从宏基因组中分离的重要基因元件组编成具有其他活性成分、或可降解污染物功能的基因簇，以替代原有不易降解化合物，或直接降解环境中石油烃、有害有害化合物、重金属。

5. 可以有效地从环境中分离新的基因、化合物和生物催化剂；

6. 所构建的工程菌可用于处理各种复杂污染物，是非常有前景的降解酶系基因筛选方法。

             宏基因组的测序流程如下：DNA提取—随机打断—测序—组装—注释分析

             测序的手段这里不做叙述，不同单位平台和方法不同，可能在质控上略有差异。下图是宏基因组数据处理分析流程及功能的简介。

          另外，关于粪便样品做宏基因组测序的取样方法和要求：无菌污染，200mg，-80℃保存，干冰运输。

           下一帖子讲聊一聊宏转录组是怎么回事，具体连接如下

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