GSEA需要的GMT文件如何制作呢
发布于 2019-09-10 · 浏览 7400 · IP 山西山西
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芯片数据想要做GSEA，前期的输入基本没问题，可以正常运行，但目前的问题就是我的芯片是大鼠的，而我选择的是c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt这个数据库，我们知道这个数据库对应的是人的，所以虽然可以出来正常的结果，但是还是考虑到人和大鼠物种之间的差异影响，我想使用大鼠的数据库再试试。
麻烦问一下万能的园友，我如何制作属于大鼠的GMT，再哪里下载呢？
如下是我搜到的制作GMT的信息：
gmt格式是多列注释文件，第一列是基因所属基因集的名字，可以是通路名字，也可以是自己定义的任何名字。第二列，官方提供的格式是URL，可以是任意字符串。后面是基因集内基因的名字，有几个写几列。列与列之间都是TAB分割。
Pathway_description Anystring Gene1 Gene2 Gene3
Pathway_description2 Anystring Gene4 Gene2 Gene3 Gene5
GSEA官网只提供了人类的数据，但是掌握了官网中基因表达矩阵和注释文件的数据格式，就可以根据自己研究的物种，在公共数据库下载对应物种的注释数据，自己制作格式一致的功能基因集文件，这样便就可以做各种物种的GSEA富集分析了。（如何再公共数据库下载对应物种的注释数据呢）
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 7400
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