代谢组学常见问题（简略整理二）

6.代谢组可以精确描述样本内所有可能的代谢物吗？

目前尚未产生出一种分析技术可以精确描述样本内所有可能的化合物。

鉴于这种分析手段上的欠缺，代谢组学的最终目标还只是科学家们的理想。各大分析仪器公司也都将代谢组学目标设定为今后研发的一个重要方向，随着分析技术的逐步进步，更精确更全谱的分析仪器将会逐步被研发出来，进而为代谢组学提供更强大的技术平台。

7.代谢产物分析有哪几种？代谢靶标分析和全代谢组分析区别？

代谢物靶标分析：某一个或某几个特定组分的定性和定量分析，如某一类结构、性质相关的化合物（氨基酸、有机酸、顺二醇类）或某一代谢途径的所有中间产物进行分析，不分离鉴定具体单一组分；

代谢物指纹分析：同时对多个代谢物进行分析，不分离鉴定具体单一组分；

代谢轮廓分析：限定条件下对生物体特定组织内的代谢产物的快速定性和半定量分析；

代谢组分析：对生物体或体内某一特定组织包含的所有代谢物的定量分析，并研究该代谢物在外界干预或病理生理条件下的动态变化规律。

8.代谢组生物统计学分析的方法和意义？

代谢组学对应的统计学分析属于统计学范畴，与代谢组学并无直接关系，但是可以通过统计学分析来判断样品的重复性、代谢物的差异以及进行遗传分析。

因此，统计学分析结合代谢物组学并无严格限制。常用的统计学分析包括独立样本t检验，配对样本t检验，F检验，one-way ANOVA，Two-way ANOVA，PCA, PLS-DA，OPLS-DA，相关性分析，回归分析。

9.代谢组学可以检测哪些样品？

代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物（Da<1000）。

其样品主要是尿液，血浆或血清，唾液，以及细胞和组织的提取液。

10. 代谢组的样品重复性有什么要求？

代谢组学基于多元统计分析方法进行的，在样品准备上相对于转录组和蛋白质组而言需要更多的重复数据。每组样本的生物学重复的个数不一致也是可以的，但最好相差不要太多，差别不要超过2/3就可以了。相比较而言，每组生物学重复的数量足够多是更为重要的。

1.一般建议植物样品：最少6次，建议8次生物学重复，6~8个平行样品；

2.模式动物及微生物样品：最少8次，建议10次生物学重复；

3.临床样品：30次生物学重复以上，如组织样品取样不便，可控制在20次重复以上。

11.代谢组普筛研究一般每组多少个平行样本？为什么？

代谢物在不同组织样品中差异较大，为了可靠的统计学以及生物学分析：

1.微生物与植物样本：每组最小样本数8个；

2.模式动物最小样本数：10个；

3.临床样本最小样本数：30个。

12.代谢组中植物样本准备中细胞破壁的方法有哪些？

机械法：处理量大，速度快；例如球磨法、高压匀浆法、X-压榨法和超声波法等；

酶解法：利用水解酶破坏细胞壁中的聚合物成分；例如溶菌酶可水解细菌、放线菌细胞壁上的肽聚糖，纤维素酶可水解植物细胞壁上的纤维素，蜗牛酶可水解真菌细胞壁上的几丁质和甘露聚糖等；

其他方法：包括细胞自溶法、渗透冲击法、反复冻融法、酸碱处理法和表面活性剂处理法等。

13.对于样品中存在易挥发性的物质，在保存是该如何注意才能保证实验时这些物质没有挥发掉？对于样品中存在易氧化的物质应当注意什么？

易挥发性的物质，收集过程中难免会丢失，如果气体或者极易挥发可采用进样小瓶收集。

含易氧化的物质的样品收集要快，尽量少暴露于空气中，避空保存，有条件可以抽真空。

微生物代谢速度非常快，所以所有的步骤需要尽快完，且每个样本量一样多。

14.动植物组织，细胞，血液，尿液等样本一般能搜到多少种代谢物？

代谢物在不同的样品中，种类各异，一般植物20万种、动物2500种、微生物1500种

在GC-MS平台：血液400左右，尿液600左右，动植物组织或细胞在500到1000+不等，与生物种类有关；

LC-MS平台可以检测到的物质峰可以达到几千甚至上万，但是由于数据库的限制，目前都是做完差异分析后再做定性，一般代谢物会控制在200个左右。

15.质控样本QC的做法和意义？？？

代谢物检测质控主要是为了保证样品检测过程的准确性，对提取或检测过程中差异较大的样品或代谢物质进行分析判断。

例如，检测100个样品中代谢物质，在提取样品之后，从100个样品中各吸取部分样品，先作为一个混和样品。随后，在100个样品的仪器分析的过程中，可以在每20个样品跑样过程中插入检测一个混合样品，最后通过分析混样在前后五六次代谢检测数据稳定性，判断样品的好坏。