【资料整理】生信基础入门(一)


#20190119
1,常用的生物信息学习网站
生信菜鸟团:http://www.bio-info-trainee.com/(初学)
生信技能树:http://www.biotrainee.com/
生信人:https://shengxin.ren/
biostars:https://www.biostars.org/ (重点)
基友网站:https://github.com/(代码)
2,R语言初步介绍
2.0 学习资料推荐 :R语言编程艺术
2.1 环境搭建:R/Rstudio/Notepad/NppToR/everything
2.2 R包安装
2.21 查看帮助文档
2.22 镜像
2.23 设置镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN")
options(CRAN="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN")
2.24 安装
install.packages()
installed.packages()
remove.packages()
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")(https or http)
biocLite("DESeq2")
p_load():pacman包
if (!require("pacman"))
install.packages("pacman", repos = 'https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/')
verson
install_github()略过
2.25 加载
library()
require()
attach()
detach()
2.26 学会看报错信息
2.3 命名规范,写代码习惯
2.4 数据格式介绍
2.5 基本读写操作
2.6 字符串处理
2.7 循环
2.8 函数
3,TCGA临床资料下载
3.0 TCGA barcode介绍(重点)
3.1 TCGA官网下载
3.2 GDAC Firehose下载 http://gdac.broadinstitute.org/
3.3 UCSC Xena http://xena.ucsc.edu/
3.4 UCSC Cancer Browser(不再更新)https://genome-cancer.ucsc.edu/
3.5 cBioportal http://www.cbioportal.org/
3.6 TCGABiolinks(R包)
作业:TCGA官网下载的临床资料的xml格式文件,用R处理,整理成表格。(提示:使用xml包)
最后提一下搜索技巧,灰常有用:
https://jingyan.baidu.com/article/359911f59e75b557fe030682.html
后记:明天要给别人讲这么多东西,其实也不多吧............................
最后编辑于 2019-01-19 · 浏览 3.0 万