「更新至20200909」【一文就够】版内《生信问题及解决方案》目录汇总

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医疗行业从业者 · 最后编辑于 2020-09-09 · IP 北京北京

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这个帖子发布于 6 年零 354 天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

【本帖从2018年7月开始第一更，陆续更新至今，已是第3个年头。此间，我收获了博士学位，整理了20万字的生信笔记。未来，作为助研，我也会一直更新知识，甚至发现新知识。期待与大家一道学习、成长】

大家好，我是常在丁香园生信版“叨逼叨”的stringson。在版里写过一些代码分享的文章。

写这个帖子的初衷是：

一是帮助临床医生学会简单的生信。

二是寻找志同道合的合作者。

希望我们之间的问答是个互选的过程，促成双赢。

######################## 说明 ###############################

##------------------------- 当前版本：2020年9月9日更新------------------------------##

##1. 第一次来的朋友，请投票、收藏，有丁当的朋友，请打赏！你的支持会让本帖常青！##

##2. 不论你何时来到本帖。只看1楼就好。因为每次更新都会按类别汇总到1楼中。------##

##3. 每次更新内容在最高楼层。听说一路跟随楼主更新的朋友，会发大文章噢！---------##

######################## 目录来啦 ##############################

【如何提问】

【COVID-19/新冠】

20个新冠病毒免费数据库，助你把论文写在战胜疫情第一线 - @stringson
2019-nCov相关科研信息2020年第2期 - @stringson

【文献下载】

免费下载中英文文献，这些强大的方法不容错过 - @科研芝士

【书】

给生信小白的一些建议 - @bleachf
研究生如何做文献阅读笔记 - @1986zhw
<cancer and ncRNAs> - 2018 - @bioinfomania
基因的分子生物学(2015).pdf - @wzh
Bioinformatics and Functional Genomics(2015).pdf - 生物信息学与功能基因组学_2015，@wzh
生物信息学与功能基因组学_2006 - @minge1986
生物信息学方法与实践.pdf - @wzh
探索基因组学、蛋白质组学和生物信息学.pdf - @kakoiilin
生物信息学札记(第3版) - 浙大樊龙江教授，2010年版，基础知识值得一读。@火车二场
高通量名词解释(生物信息培训) - @suke111
【资料整理】生信基础入门(一) - @夏木1220

【一文就够系列】定位于解决《一个小生信问题》。

【TCGA分析系列】

- 下载

【一文就够】TCGA下载 -mRNA数据- download数据，@stringson
TCGA官网下载miRNA成熟体表达谱数据处理 - @夏木1220
TCGA官网下载miRNA成熟体表达谱数据处理--代码版 - @夏木1220
【一文就够】TCGA下载-不同软件下载的数据编号怎么就对不上呢 - @stringson
【step by step】菜鸟学TCGA（1）-命令行download - @sisigreen

- 转换ID

【一文就够】TCGA数据ENSG转换为基因名(Symbol) - 名称转换，@stringson
【step by step】菜鸟学TCGA（2）-id转换成gene symbol - @sisigreen
【step by step】菜鸟学TCGA（3）-id转换成基因名 - @sisigreen

- 差异表达分析

【step by step】菜鸟学TCGA（4）-用edgeR做差异表达分析 - @sisigreen

- 其他

【GEO分析-RNA表达谱】

GEO数据库的使用，边学边问，有图有真像 - @丁香海豚
GEO数据下载非常慢的解决 - @ 夏木1220
GEO数据库使用中发现的问题及思考 - RNA表达谱。@出走的淡水鱼
gene ID,gene symbol,affymetrix ID区别 - @stringson
[原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤 - GEO2R。@康小杨
GEO中Illumina beadchip原始数据处理 - @夏木1220
GPL570平台重注释：获取lncRNA表达谱 - @夏木1220
GEO数据库基因表达谱差异基因分析实例操作(上)：R版 - @科研芝士
GEO下载的基因名称，GPR78///CPZ，三条杠，是什么意思？ - @2017-8-17

- oncomine

oncomine数据库的应用知识讨论 - @Leo_fishes
oncomine数据库使用教程 - @l里三木

【转录组测序】

【转录组测序】fq文件格式 - @夏木1220
【转录组测序】序列比对及组装 - @夏木1220
【转录组测序】参考基因组注释文件--白色念珠菌SC5314 - @ScorpioGirls
【转录组测序】根据基因坐标提取fa序列 - @ScorpioGirls

【甲基化谱】

DNA甲基化芯片数据分析的protocol - @malaria2000

【NGS数据分析系列】生信版的老前辈@老宫

【外显子测序】

外显子测序-SNP检测与注释 - @夏木1220
外显子测序-体细胞LOH/CNV检测 - @夏木1220

【富集分析】

【代谢组】

盘点代谢组学碰到的那些问题 - @代谢组学百问团

【SNP】

关于SNP，你需要了解的 - @Duangdang
SNP突变位点预测软件 - @Duangdang
【一文就够】批量下载SNP附近序列 - @stringson
【一文就够】批量查询SNP的基因组位置、附近序列等信息（hg38/grch38） - @stringson
【一文就够】批量查询SNP的基因组位置等信息 -@stringson
【一文就够】查找某一序列范围内所有SNP - @stringson
氨基酸保守性分析 - @925晓雪

【miRNA】

miRNA研究思路
如果你博士科研还一筹莫展、毫无头绪，又对ncRNA(miRNA、lncRNA、circRNA)感兴趣，不妨来看看 - @达摩

【lncRNA】

如何从Gencode中提出所有lncRNA的名字 - @stringson
一个初学者的LncRNA分析之路（一） - @bleachf

【转录因子】转录调控，转录因子结合位点（TFBS）

【科研思路】

如何从一堆分子（基因、RNA、蛋白）选择出候选分子？ - @stringson

【数据库】

一起学习UCSC数据库 - @Leo_fishes

【作图】

主成分分析（PCA）
R语言 - 【画图专题】主成份分析PCA作图 - @夏木1220

热图（heatmap）
R语言 - 热图的解读与应用 - @xiaojikuaipao1
R语言 - 【画图专题】---热图pheatmap()函数 - @夏木1220
R语言 - 【画图专题】pheatmap函数画热图--进阶篇之行注释条 - @夏木1220
R语言 - 【画图专题】热图ComplexHeatmap()函数 - @ScorpioGirls

柱状图（barplot）
R语言 - 【画图专题】barplot--功能富集结果展示之柱状图 - @夏木1220

森林图（forest plot）
R语言 - 一种简单的森林图——R语言的forestplot包画森林图 - @msTang_dx

WesternBlot 定量
蛋白的共存强度以及相关性分析软件imageJ的使用 - @jmfan

火山图
R语言 - 火山图分析制作问题 - @乱云先生
R语言 - 【画图专题】火山图Volcano Plot--差异表达分析结果展示系列1 - @夏木1220

Venn图/韦恩图/文氏图
R语言 - 【画图专题】venn图 - @ScorpioGirls

圆圈图
circos - 请问这个图是什么图？用什么软件做出来的呀？ - @stringson

序列/motif图
R语言 - 如何做出图中不同颜色和字体大小的序列标识 - @stringson

cytoscape
【画图专题】cytoscape画图技巧 - @夏木1115

【R语言】

从今天开始我学习R语言，此贴陆续将介绍我的心得！ - @liyi3344520

【UNIX/linux基础】这部分的前提是你有服务器。但没有也没问题，不影响以上所有内容的实现。

小鬼的Linux学习之旅--总目录 - @ScorpioGirls

【你需要的系列】快告诉我吧！

----------------------------我会怎么做呢？--------------------------------------------

1. 每周选择一些问题，在版内，发布解决方案。

2. 不定期更新本目录。

3. 当然啦，

我一个人特长有限。我的特长是基因组、进化分析、以及科研画图。转录组做过一些、表观组懂一点点。

我一个人精力有限。毕竟还要做阔儿研。。。目录每周一更是对自己的要求，我想差不多是极限了。

特别指出的是，本项目已得到了版主大大@dachong99 的支持！

----------------------------需要大家做什么呢？---------------------------------------

感谢看到这里噢！有福利……福利是，你可以问问题，而不必被动地等我更新！比如：

1. 如果你有希望解决的《一个小生信问题》。欢迎以跟帖、私信等方式让我知道。

2. 如果你心中已有《系统化的知识体系目录》，需要解决方案，也非常欢迎跟帖。

3. 暂时想不到，没关系。你对本帖的投票、收藏，都是让本帖常青的助力！

4. 怎么鼓励我加快进度呢？打赏我丁当吧。接受有偿提问！随意就好。

5. 另外，加入版内有官方微信群：丁香园官方生物信息群。有机会获得更多支持，更有机会联系到我噢。

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