原创--一步一步教你如何运用HaploView进行SNP的统计分析

  最近一个月来经常上丁香园逛meta的分析和讨论，很多热帖都是关于这个话题，当然自己也是从丁香园上学到了很多关于meta分析的知识和操作，自己对于meta在RevMan和Stata的各种分析和操作也大致清楚了，也很感谢园里的大牛们的无私贡献和回答。

  这两天也一直想着怎么为园里的小伙伴作出我的一份贡献，偶然间看到园里有很多小伙伴对怎么用haploView来对SNP的统计分析不清楚，包括case-control association study and TDT分析。本人现在在香港的一间大学做博士后，加上之前在同一间实验室读博士期间也是一直研究这个领域的知识，至今发表了三篇关于SNP统计分析的SCI，对这方面也有了一些基本的了解，个人感觉这个领域已经被研究了好长一段时间，SNP的meta分析也有好多文章，特意在园子里搜索了一下，发现园子里却缺少这方面的基础软件的说明文章，所以今天想抛砖引玉一下，斗胆在园子里发一个帖子简要说明一下HaploView软件的使用和结果的解读，如有不妥之处，请大牛们尽管砸砖。

  上面两段是个人感言，如果只想学这个软件的，从一下开始看就可以了。但看了这么多帖子，园子里的大牛一直在强调，丁香园是一个鼓励大家发言和讨论的论坛，希望大家在索取别人摸索出来的经验和技术的同时，能都给与一定的鼓励和肯定。如果版主觉得这个帖子好的话，希望也能给我适当的积分鼓励。

  言归正传，下面是我准备讲的HaploView基本操作的一个目录，方面大家阅读：

1. 软件下载和相关文献；

2.数据准备和导入；

3. Case-control association study参数选择和结果解读；

4. TDT与Case-control的不同之处；

5. LD block的制作和分析；

6. HaploView的其它功能。