【求助】小弟在研究蛋白相互作用以及截短表达，也是一头雾水，麻烦各位老师看看我的技术路线，能不能提出些建议，谢谢。
发布于 2015-09-26 · 浏览 7734 · IP 天津天津
这个帖子发布于 9 年零 225 天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
首先叙述下我的技术路线，谢谢。
首先，我研究的是一个噬菌体衣壳蛋白（A），与宿主的外膜蛋白B的相互作用。具体是什么蛋白我就不赘述了。
背景:蛋白A全长原核表达后，与蛋白B原核表达后，用far-western blot技术证明此两者可以相互作用，结合。
现在我的研究就是把蛋白A的N端与C端各截短10-20个氨基酸，通过软件分析尽量不破坏二级结构并且保证两端亲水氨基酸多一些，设计出的截短体。后续想先用GST pulldown再次验证全长的A与B的结合，如果验证无误，想GST pulldown验证截短体新蛋白A与原蛋白B的结合。
现在我的问题是，我就是不清楚，除了GST pulldown技术与far westernblot技术外，是否还有好的技术验证膜蛋白的相互作用，因为酵母双杂交一般不应用于膜蛋白，而新的可以研究膜蛋白互作的酵母双杂交太复杂，经费有限无法应用。不知道SCI杂志对于此类蛋白相互作用是否需要两种技术同时验证来证明。
第二个问题就是，如果我的新截短体还有与蛋白B结合的能力。您觉得我应该下一步如何做呢？是继续截短？通过计算机软件分析，蛋白A一共553氨基酸，而通过同源分析，表明200-300间怀疑有作用位点。我的下一步是继续截短呢？但很可能会破坏二级结构，还是说把怀疑作用位点的氨基酸进行突变，来改变怀疑作用位点的性质，从而使其失去作用位点的能力，然后反证法证明此为作用位点呢?
还有就是老师们您觉得我的这些工作做下来，1-2分的SCI是否有戏呢？蛋白A与B相互作用全球研究很少，算是比较创新的。
还有个问题就是请问下各位老师，蛋白相互作用的软件预测您推荐哪一款？能从三维角度预测结合位点，作用位置等，谢谢。
谢谢，感谢老师们的阅读，祝您们工作顺利，身体健康。
首先，我研究的是一个噬菌体衣壳蛋白（A），与宿主的外膜蛋白B的相互作用。具体是什么蛋白我就不赘述了。
背景:蛋白A全长原核表达后，与蛋白B原核表达后，用far-western blot技术证明此两者可以相互作用，结合。
现在我的研究就是把蛋白A的N端与C端各截短10-20个氨基酸，通过软件分析尽量不破坏二级结构并且保证两端亲水氨基酸多一些，设计出的截短体。后续想先用GST pulldown再次验证全长的A与B的结合，如果验证无误，想GST pulldown验证截短体新蛋白A与原蛋白B的结合。
现在我的问题是，我就是不清楚，除了GST pulldown技术与far westernblot技术外，是否还有好的技术验证膜蛋白的相互作用，因为酵母双杂交一般不应用于膜蛋白，而新的可以研究膜蛋白互作的酵母双杂交太复杂，经费有限无法应用。不知道SCI杂志对于此类蛋白相互作用是否需要两种技术同时验证来证明。
第二个问题就是，如果我的新截短体还有与蛋白B结合的能力。您觉得我应该下一步如何做呢？是继续截短？通过计算机软件分析，蛋白A一共553氨基酸，而通过同源分析，表明200-300间怀疑有作用位点。我的下一步是继续截短呢？但很可能会破坏二级结构，还是说把怀疑作用位点的氨基酸进行突变，来改变怀疑作用位点的性质，从而使其失去作用位点的能力，然后反证法证明此为作用位点呢?
还有就是老师们您觉得我的这些工作做下来，1-2分的SCI是否有戏呢？蛋白A与B相互作用全球研究很少，算是比较创新的。
还有个问题就是请问下各位老师，蛋白相互作用的软件预测您推荐哪一款？能从三维角度预测结合位点，作用位置等，谢谢。
谢谢，感谢老师们的阅读，祝您们工作顺利，身体健康。
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 7734
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