【会议】2015年高通量测序数据分析培训班

2015年高通量测序数据分析培训班基础理论和实例化教学方式为您的科研提供理论基础和实践经验
简介
上海市生物信息学会（Shanghai Society for Bioinformatics，缩写SSBI）成立于2005年6月，是上海市科学技术协会下属的地方性学术团体。现有单位会员超过6家，并已经吸收了80多位个人会员，学会接受主管单位上海市科学技术协会的业务指导和上海市社会团体管理局的监督管理。上海市生物信息学会的挂靠单位为上海生物信息技术研究中心。
上海生物信息技术研究中心隶属于上海科学院，是由上海市科学技术委员会依托中国科学院上海生命科学研究院、国家人类基因组南方研究中心、复旦大学、上海交通大学、上海医药工业研究院等11家科研单位，整合上海生物信息学主要研究力量，正式组建了上海生物信息技术研究中心（以下简称“中心”）。中心是国内第一个以推动我国生物信息学数据共享为目的，专业从事生命科学研究、生物信息研究和数据库建设、生物信息学软件开发的独立事业法人单位。2006年成立博士后科研工作站。
随着基因组学技术的发展，中心建立了新一代测序技术平台，包含Roche 454， Illumina HiSeq 2000/2500，Illumina MiSeq，IonProton，Solid等测序系统，能够开展新基因组测序（de novo sequencing）、基因组重测序（re-sequencing）、靶向测序（targeted sequencing）、甲基化测序（Methyl-Seq）、转录因子结合位点测序（ChIP-Seq）、全转录组测序（RNA-Seq）、miRNA测序（miRNA-Seq）等实验和数据分析。中心在系统建模、定量组学数据获取、分析、数据整合及其相互作用网络分析技术平台建设方面已经有了很多重要的研究成果。在蛋白质组学研究、细胞信号转导研究等多个领域研究达到了国际先进水平，在系统生物学和生物信息学研究方面也取得国内外瞩目的研究成果。
会议日程

日期	时间	课程名称	课程内容
8月24日	9:00 - 10:30	生物信息学概要	生物信息学数据分析概论 深入介绍国内外知名生物数据库 搜索技巧及常见问题
8月24日	10:45 - 12:00	高通量测序背景及发展现况简介	三种成熟的测序平台介绍 IlluminaHiSeq系列，Ion Proton及PacBio系列测序原理,特点，深度测序技术研究进展
8月24日	13:30 - 15:00	高通量测序基础	DNA-Seq，RNA-Seq，smallRNA-Seq和甲基化测序实验过程
8月24日	15:45 -17:00	建库及测序流程
8月25日	9:00 - 10:30	Linux与Perl、R语言的应用	Linux系统操作 大型服务器的操作 Perl语言基础与介绍 R语言基础介绍
8月25日	10:45 - 12:00	生物信息学中的统计分析（R）	R基础知识； R的应用 R扩展包； R解决生物学统计问题实例
8月25日	13:30 - 15:00	核苷酸序列分析	核酸序列分析概论 核苷酸数据库介绍 BLAST软件介绍 如何使用公共资源预测序列功能
8月25日	15:45 -17:00	表达谱芯片数据分析	检测基因表达水平的技术 差异表达基因的鉴定和检测 Bioconductor package的应用
8月26日	9:00 - 10:30	二代测序技术	第二代测序技术介绍 第二代测序技术分析流程和常见软件 第二代测序技术的其他应用
8月26日	10:45 - 12:00	全基因组或目标区域重测序数据分析	IIIumina测序数据的质控流程 基因组定位 SNP、Indel、CNV、染色体结构变异及注释 高级分析以及后续应用的简单介绍
8月26日	13:30 - 15:00	上机演练	质控（FASTQC）、定量（Tophat）、差异（Cuffdiff）；转录组从头组装、功能注释、GO分类、COG分类、代谢通路分析
8月27日	9:00 - 12:00	基因组de novo数据分析	序列预处理（质量控制） 基因组拼接 基因组功能注释及分类 比较基因组学分析等
8月27日	13:30 - 17:00	进化分析	物种进化概率 系统发育学 常见进化分析及软件应用 进化分析实例
8月28日	9:00 - 10:30	RNA分析背景及前沿技术介绍	转录组基本概况和技术发展简介
8月28日	10:45 - 12:00	refernce转录组数据分析	数据预处理与质量控制、表达量计算、差异基因筛选
8月28日	13:30 - 15:00	micRNA二测序数据分析	microRNA测序数据预处理 测序数据长度分布计算 microRNA的预测 microRNA碱基偏好性计算 microRNA靶标基因预测，结果提取、统计
8月28日	15:45 -17:00	LncRNA分析介绍	聚类、功能富集、网络等

拟邀请报告人
丁国徽 博士，上海生物信息技术研究中心/上海生物医学研究院个人基因组研究组组长。2009年11月，破格提升为中国科学院上海生命科学研究院副研究员。丁国徽博士主要以分子进化，基因组学和生物医学信息作为研究方向，已发表论文57篇，其中以第一作者或通讯作者发表SCI论文 20篇，参与申请专利5项，软件著作权11项。
李虹 博士，在中科院系统生物学重点实验室任助理研究员，主要研究兴趣为计算基因组学和癌症组学大数据挖掘。共以第一作者发表SCI论文8篇（PloS Genetics, Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research. Bioinformatics等）， 累计引用139次；参与发表SCI论文10篇，累计引用729次；参与申请软件著作权4项。
王振 博士，现为上海生命科学研究院博士后。博士阶段的研究方向为基因组进化与功能的研究。主要工作是研究蛋白质磷酸化的进化，通过分子进化的方法，发现脊椎动物不同功能模块中的磷酸化位点的保守性存在显著差异，从而揭示了磷酸化对脊椎动物特异性功能形成的作用。博士后阶段的方向为模式生物的基因组研究。基于基因组的深度测序，利用比较基因组和群体遗传学的方法，解析模式生物特殊性状的分子机制。
主办单位：上海市生物信息学会
协办单位：苏州贝斯派生物科技有限公司
上海生物信息技术研究中心
上海众信生物技术有限公司
会议地址：上海市科技创业中心1号楼
具体会议地点：上海市徐汇区钦州路100号1号楼12楼
会议费用：5000元/人
在校学生持学生证4500元/人
同一个单位，3人以上集体报名（含3名），4500元/人。
说明：以上费用含证书（上海生物信息学会颁发）、材料、税金、午餐、茶点
账号地址：
公司名称：苏州贝斯派生物科技有限公司
开 户行：中国银行股份有限公司苏州斜塘支行
账 号：539158194515
联系方式：
联系人：李伟伟 电话：021-54065275 Email：wwli@encodegenomics.com
如您计划参加，可以登录公司网站（http：//www.basepair.cn）查看详细内容。