现在做肿瘤的外显子测序好，还是RNA-seq好？

随着癌症基因组计划的实施，很多常见肿瘤的外显子测序乃至RNA-seq已经完成，且很多数据已经公布。但是，老板还是想在做一下外显子测序。我个人认为再单纯的去做外显子测序已经没有太大意义。虽然，你可以讲国外公布的数据时用的外国人的标本做的，我们是用中国人的标本做的。遗传背景不同，结果可能不一样。但是这种不同，并没有太大意义。我们做外显子测序的一个很重要的目的是寻找肿瘤的driver mutation,而你做的结果和外国人的结果不一样很可能是由于你选择的肿瘤中的亚型不同，或者可能是passage mutation不同。再重复一遍别人已经做过的实验，很难有什么新的发现，而且也不可能做那么大的样本量。
如果将外显子测序和RNA-seq一起做，会不会更好一些。RNA-seq可以发现一些新的转录本或融合基因，同时对基因差异表达的分析可以发现一些新的线索，另外还可以做miRNA或LncRNA，研究RNA调控网络。本人不是搞生物信息学的，想请教一下RNA-seq除了这些，还能得出什么结果。另外，我做的肿瘤临床标本不好获得，可不可以做细胞株的RNA-seq，选择几种驱动基因不同的细胞株，或者选择来源于原发灶和转移灶的细胞株，来看一些基因的差异表达。
希望各位站友多提宝贵意见，谢谢了！