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核酸技术

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论坛首页  >  核酸基因技术讨论版
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【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列(终) [精华]

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楼主 lzfist
lzfist
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这个帖子发布于13年零197天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
关于查找基因启动子序列的一点心得,还有请各位战友多多指正。
下面我就以TGFBR1基因为例子来说明一下。
首先进入主页 http://www.genome.ucsc.edu/
点击tables 标签,进入一个界面。可以看到clade,genome,group,track,region 等等选项。
具体设置见图一:

然后在position后面的文本框中输入你要找的基因,如TGFBR1。选择genome选项,点击get output按钮。
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2007-07-18 10:47 浏览 : 54880 回复 : 102
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lzfist 编辑于 2007-07-31 15:58
  • • 快问快答:为什么哮喘控制维持至少3个月才可考虑降级治疗
楼主 lzfist
lzfist
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在出现的新页面上记下这个基因的位置,如:“chr9:100907233-100956294 ”
退回到原来那个页面中,在position后面的文本框中输入chr9:100907233-100956294 。
其他设置跟上面一样。
点击get output按钮。
出现一个页面,有三个选项。分别是genomic,protein, mRNA。选择genomic。点击 submit。
出现如图2所示的页面。
Promoter/Upstream by bases 是指转录起始位点上游的碱基数,其实就是启动子了,你大概估计一下启动子的长度。我选了2000bp。
其他选项可以根据你自己的需要来选择,不光可以查找启动子序列,而且可以查找全序列,根据选择来定,如选择cds,就会列出cds序列了。
我研究的还不是很透彻,希望有高人能够多多指点。
2007-07-18 11:26
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lzfist 编辑于 2007-07-19 11:20
  • • 黑龙江多地本土病例再起 新增确诊56例 新增无症状感染者37例
hebinqi
hebinqi
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can you find the promotor from no named sequence?
2007-07-19 08:10
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楼主 lzfist
lzfist
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不好意思,也许可以,但这个我还不会。
2007-07-19 08:52
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