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核酸技术

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【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列（终） [精华]

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楼主 lzfist
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这个帖子发布于12年零189天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
关于查找基因启动子序列的一点心得，还有请各位战友多多指正。
下面我就以TGFBR1基因为例子来说明一下。
首先进入主页 http://www.genome.ucsc.edu/
点击tables 标签，进入一个界面。可以看到clade,genome,group,track,region 等等选项。
具体设置见图一：

然后在position后面的文本框中输入你要找的基因，如TGFBR1。选择genome选项，点击get output按钮。
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2007-07-18 10:47 浏览 : 49814 回复 : 102
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lzfist 编辑于 2007-07-31 15:58
  • • 丁香早知道 - 1.16 | 科里高资历医生跳槽，被院领导吐槽只为钱

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楼主 lzfist
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  • 8楼
对于7月18日的页面做一下详细的说明。
图中的5'UTR是指5'端非编码序列。
CDS其实就是蛋白质的编码序列，编码起始位点是ATG
5'UTR+3'UTR+CDS应该就是mRNA序列或外显子。
Introns是内含子。
Promoter/Upstream by（） bases 是指mRNA上游N个碱基，具体多少个碱基，自己写。其实就是启动子序列。
“One FASTA record per gene”是指你所选择的要显示的序列不加分割的显示。
“One FASTA record per region (exon, intron, etc.) with extra bases upstream (5') and extra downstream (3') ”是指把各个区域分开显示，如启动子，CDS，内含子等等 这些区域分开显示，便于查找。文本框里填的数字是说，每个分开的区域和上一个区域或下一个区域的序列有几个碱基是重复显示的。建议选择这个选项。
“Split UTR and CDS parts of an exon into separate FASTA records ”是指把UTR和CDS区分开显示。
下面的选项是让你选择字母的大小写设置。
upper case就是大写，lower case就是小写。
2007-07-21 15:00
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lzfist 编辑于 2007-07-21 15:07
  • • 丁香早知道 - 1.17 | 国内首例！72岁高位截瘫患者用意念喝可乐、打麻将
楼主 lzfist
lzfist
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  • 57楼
以我的经验，启动子的长度没有一个确定的说法，只能说是在5‘-UTR区域，包含有启动子，但是具体这个发挥转录调控的启动子功能区域具体在哪里，还要查阅相关文献，没有文献报道的，可以利用一些软件来预测功能域。
如果你不具体研究这些功能区，只是研究一些遗传机制的话，比如SNP等，我想，整个5’-UTR都应该算是启动子区吧，小的上千bp，大的要上万，甚至数十万bp了。但是具体功能域所在的地方，肯定不是很大，需要你来预测或是查阅文献了。

至于基因序列的查找，我个人认为，NCBI比较完善，UCSC可以起到一个辅助和再确认的作用。
NCBI里的序列，mRNA，CDS序列等等，都标注的很清楚，只是有的基因序列给的是反向互补的序列，需要大家在primer5里转换一下，具体看是不是反向互补的序列，我有一个办法，就是看在第一个CDS区的前三个碱基是不是ATG，如果是ATG，那么这个序列就是你要的了，如果不是，那八成就是你要得序列的反向互补序列了。
2008-07-19 11:28
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楼主 lzfist
lzfist
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  • 2楼
在出现的新页面上记下这个基因的位置，如：“chr9:100907233-100956294 ”
退回到原来那个页面中，在position后面的文本框中输入chr9:100907233-100956294 。
其他设置跟上面一样。
点击get output按钮。
出现一个页面，有三个选项。分别是genomic，protein, mRNA。选择genomic。点击 submit。
出现如图2所示的页面。
Promoter/Upstream by bases 是指转录起始位点上游的碱基数，其实就是启动子了，你大概估计一下启动子的长度。我选了2000bp。
其他选项可以根据你自己的需要来选择,不光可以查找启动子序列，而且可以查找全序列，根据选择来定，如选择cds,就会列出cds序列了。
我研究的还不是很透彻，希望有高人能够多多指点。
2007-07-18 11:26
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lzfist 编辑于 2007-07-19 11:20
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