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基因芯片之小白菜乐园 [精华]

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楼主

丁香园荣誉版主

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1楼

这个帖子发布于16年零280天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

(*)(*)(*)(*)基因芯片资源数据库 ---by microarray (*)(*)(*)(*)

++本来想考虑成熟一点，资料再完善一点再发的，但是憋了这么多天实在受不了，我现在就————————————发
++感觉本版有被边缘化的倾向：经营多年、颇有心得的老手们（主要从事序列分析和数据库工作）因为没有资源的需要，看到没有idea的碰撞就时隐时现；新同学因为摸不到门道而急得呲牙咧嘴，弱弱地问了几句看到没有人回答就尴尬地永远消失了。所以觉得本版好象都陷入半停滞状态了。——有抛荒的可能，毛主席说的。
++个人认为现在做芯片的有很大一部分是从临床半路出家者，基础实在太差，多半也说不上有什么看法，主要是来学习的，丁香园怎么也该给个机会吧。高手们没工夫回答这些菜问题，让新手自学总可以吧。庆幸地是我去其他网站看见他们对小菜鸟普遍也是爱理不理的，所以机会还是存在的。
++我强烈建议在版内建设基因芯片子版以帮助小白菜们茁壮成长。
另外还要说：
一、在本版内片面强调搜索引擎的作用不行——就象用关键词检索一样，杂乱无章不说，还会漏掉很多宝贝——我是把这三十四页PAGE 一页一页翻过去才淘出不少珍品。而且这也不符合科学精神。——个人认为版面管理方面最出色的应该是心情驿站，条分缕析、丝丝入扣，与丁香园总版面有异曲同工之妙，可以奉为楷模。
二、光靠基因芯片专栏讨论也是不可行的，因为话题太分散，不能形成有效的讨论。
三、有些子版许久也没有新内容了，是不是可以调整或合并呢。
++我这也不能算提意见吧，感觉版主、版助、microarray、lidm还有很多其他同学都是可亲可敬的朋友，看到这种寂寥无人的状态应该都很郁闷吧。
下面是我整理的一些资料，上面说过的确很不成熟，希望大家指正，我会不断修改的。

下面是给新手的话：如果你真的什么也不大懂的话就先把这些资料看完再去研究其他资料吧，我觉得这么些东西打基础是足够了。就象那句话——全家老小，吃饱吃好。

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2004-04-14 23:53 浏览 : 36373 回复 : 74

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imsupergene 编辑于 2004-08-12 10:35

• 继续读博还是回家工作

楼主

daweiwei

丁香园荣誉版主

+1 积分

热

2楼

原理篇：
__________________________________________________________________________________
++Vital statistics是microarray同学转述的nature，2003-8的一篇综述，对基因芯片的统计问题深入浅出地进行了一些探讨，对基因芯片的本质及实际操作问题都有涉及。文章中对这一新兴领域的深刻见解表现了作者深厚的学术涵养。
++因为它还涵盖了基因芯片的设计及数据分析的基本原理，对什么也不懂的新同学来说也是一篇不可多得的入门指南。其中谈到两个重要的概念：a gene expression matrix和 vector。这在阅读manual时就会碰到。还有一个重要的概念：pooled samples。这在读一些经典论文时也一定会遇到。令人惊喜的是竟然连接有免费的全文，这样就不用去SOS扣分了。
++文章用词浅易，言简意赅，思路清晰，行文流畅；时时引经据典令人读后如沐春风。与国内某些教材比较更显得珠圆玉润、楚楚动人，在跟帖中鄙人也小有表示。希望大家多多品尝，多多捧场。谢谢，谢谢。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/485358

++在跟帖中，我提了一个迫切希望解决的问题——关于一个应该重复的芯片数量的问题。
(关于这个问题的讨论还有http://www.dxy.cn/bbs/thread/622651 )得到的大概意思似乎是
“1、只要试验作得漂亮，二到三张芯片基本就够了。如果是涉及一系列时间点（timecourse？），最好两个点有变化才判断这是有差异表达的点。
2、商业化的芯片，如果是affy、clontech的没问题,其它的芯片高水平的杂志不一定认可。芯片结果是否正确，还需要通过其它手段进行验证，如real-time RT PCR,northern blot等。
3、为了追求很高的准确性（可能还达不到）而增加重复的次数，个人认为没有必要，务实些，在国内如果2次结果的重复性好就可以了。”
_________________________________________________________________________________
++基因芯片flequently asked questions。可以断定至少有一部分是扫描得来的，因为其中有一些字母级别的拼写错误。不知为什么前半部分还是来自安大略，后半部分却变成了UK了，所以消息来源很混乱。
++内容很杂，“其中前面的40多个主题较好。”前30个问题中主要涉及实际扩增及杂交中的具体问题，我猜测一些内容意义重大。第30个问题以后才开始涉及原理等基础问题，所以建议从第30个开始看。第40问以后都是一些商业操作上的程序性问题，所以价值不大。特别感谢yanwyy11同学。

我看了一下，建议先看：
31．What is a microarray?
32．How are microarrays made?
33．what are the differences between different types of microarrays?
特别提到了点样法的两个缺点：which makes it impossible to discern between genes that are more than 80% similar, and forget about detecting SNPs.
34．How are microarrays used? 即实际操作的五个步骤。
35．Why ratios and cohybridizations?
44. How do I evaluate the RNA quality for expression profiling on microarray?
66. I am having problems with microarray hybridization. Can you help?
The most common question we receive concerning hybridization with our microarrays is how to reduce background.——how to deal with?降低背景噪音的四种方法。
76. What should I do if I'm getting high background?
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=507947&sty=1&tpg=23&age=0
还有http://www.dxy.cn/bbs/thread/505292
—————————————————————————————————————————
—————————————————————————————————————————
++基因芯片的原理和操作（全国生化培训班讲稿）。主要内容有两个：寡核苷酸芯片和cDNA芯片的制造，具体的操作手册。都是中文容易懂。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=359231&sty=1&tpg=11&age=0

++little0同学转述的关于基因芯片的概述，但是至少是2002-6以前的文章，好象都没谈到cDNA芯片，似乎只有一段关于寡核苷酸制造的表述有点用处。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/1373

2004-04-14 23:54

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daweiwei 编辑于 2004-04-20 23:42

• 选择哪个内科方向

楼主

daweiwei

丁香园荣誉版主

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3楼

数据分析实务篇：
++关于国内基因芯片结果分析现状的介绍，比较简单。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=492506&sty=1&tpg=26&age=0

++microarray同学讨论了芯片结果的产生的4个部分：图像产生，图像文件到数据文件（也就是intensity的具体数值)的转换，数据的标准化过程，数据的进一步分析。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=453828&sty=2

++关于免费的芯片分析软件的讨论，但是大家还是倾向于cluster、treeview。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=528247&sty=1&tpg=23&age=0

++天天站长关于芯片数据分析的求助帖，有成就感吧。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=494295&sty=2

++讲解基因芯片分析中常用的两种分析方法——supervised machine learning (supervised learning classification)和unsupervised machine learning。————个人认为很少人真正能懂。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/452955
还有http://www.dxy.cn/bbs/thread/409791
——————————————————————————————————————————————————————————————
实际技术操作篇：
++基因芯片技术protocol
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=764378&sty=1&tpg=9&age=0
CLONTECH—— Labeling Kit ‘s User Manual
http://www.dxy.cn/bbs/thread/468803

++这段文字说明了为什么要用RT-PCR复制RNA，及使用混合的（pooled）参考基因的原因。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/451629
还有http://www.dxy.cn/bbs/thread/451695（我还没看）

关于以尼龙膜或载玻片作为载体的芯片的话题,仅限高手讨论，否则走火入魔。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/559351

++讨论了CY5比CY3信号弱的原因：见光易分解；与标本亲和力较差及解决方法。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=504834&sty=1&tpg=25&age=0

关于荧光染料标记效率的话题,仅限高手讨论，否则走火入魔。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/457947

2004-04-14 23:56

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daweiwei 编辑于 2004-04-17 00:06

• 快问快答：为什么哮喘控制维持至少3个月才可考虑降级治疗

楼主

daweiwei

丁香园荣誉版主

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4楼

综合类大作篇：
++基因芯片聚类的PPT，内容挺多，还没仔细看。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=464182&sty=1&tpg=28&age=0

++BT上standford生物信息CD九张!我没下过，大家有兴趣的话可以试试。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=466549&sty=1&tpg=24&age=0

++经典著作microarray analysis 的附录中的网址资源。不要好高婺远，等大家出师的时候可以去看看。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=489953&sty=1&tpg=26&age=0

++ 生物信息学在肿瘤研究中的应用 (PPT) 中科院肿瘤所张新宇的作品，其中关于normalizing data的图可能有点意思，但是主要是生物信息学的内容。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=645018&sty=1&tpg=16&age=0
——————————————————————————————————————————————————————————————
++临床医学如何向生物领域转型，这是题外话，也许对某些同学有用吧。文中有建议大家去友情链接中的医网情深看看，有意思，我有空也要去瞧一下。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/501851

++关于学生物信息用做实验吗的回答：可以不用，意思就是说有的人可以拿它当业余爱好啦。又是题外话。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/451923

2004-04-14 23:57

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• 乡镇卫生院入编制问题，请懂行的指点迷津，谢啦！

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