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请教如何在NCBI里面查SNP

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楼主 tantonny
tantonny
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这个帖子发布于17年零21天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
1。在NCBI里面查SNP， 输入一个基因的名字后（如CDH23），会出来700多条记录，但当我打开看时却发现很多都是 alle pos =201, length =500（之类），那这些SNP是同一个SNP吗？这数字是根据什么来的？（我的意思是基因的DNA序列全长有10000多，这201是从第一个核苷酸开始的吗？
2.怎么才能知道外显子的核酸序列？比如CDH23的第七外显子，光在别人文章里看到说啊说它的这特点那特点，可没有序列啊？
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2004-01-03 23:25 浏览 : 10846 回复 : 2
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trumask
trumask
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楼主呀,你这个问题,唉,说句不好听的,建议你在提问前,先多看看坛子里有没有相关问题的答案,SNP我不太清楚,就你这个基因的外显子而言,再没比这个更容易做的生物信息学作业了:(
推荐你使用NCBI的locuslink系统搜索CDH23,然后你就会得到你想要的一切.呵呵,可不要告诉我你不会用locuslink:)
CDH23的外显子可真多.
2004-01-04 12:20
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watin
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  • 3楼
看看这里吧，这个问题俺当初也不明白。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=596347&sty=3&keywords=SNP
2004-01-12 15:05
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freedegree
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  • 4楼
watin
看看这里吧，这个问题俺当初也不明白。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=596347&sty=3&keywords=SNP

问一下你贴的：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?dispmax=1&showndispmax=1&val=NT_010718.14&view=graph&_from=6393566&_sfrom=6416228&_to=6451100&_strand=2&_llen=100&_slen=4000
里面标志的SNP位点是指其位置上面一行还是下面一行序列？它对应的位置应该是突变的位置吧？其中图里A/T-dbsnp:1794286是指在一个位置会有突变成A或T的可能性吗？但它对应的序列怎么是T？T怎么会突变成T呢？还有-/TTT-dbsnp 5819是DIP（deletion/insertion polymorphism）不是SNP啊。在
我对SNP不是很清楚，还忘高人能指点啊。
2004-01-12 16:50
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freedegree 编辑于 2004-01-12 20:18
  • • 公司部门总监，年薪50万+原始股，要不要从医院离职呢？

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