该话题已被移动 - codegreen , 2003-11-26 08:28
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楼主

kiwi

铁杆站友

1楼

这个帖子发布于17年零142天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

我让别人给我作的质谱，结果他机器上软件搜索的理论蛋白分子量以及等电点等都和我的2-D实验差别悬殊，因此，我想自己利用测出的肽段质量去搜索PEPTIDENT，但是他告诉我，搜索时除了要知道肽段的质量之外，还要知道相应肽段的强度，可我在PEPTIDENT里却找不到这一向参数，现在急死了！我觉得把肽段的质量信息拿来搜索是可以的，
懂的朋友们多多指教我！！！！！
谢谢

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2003-11-25 17:05 浏览 : 3753 回复 : 27

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codegreen 编辑于 2003-11-28 22:52

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zyffzw

丁香园中级站友

2楼

他说得不错，拿肽段的质量信息不可以的，因为MALDI-TOF-MS的数据分析必须要有肽段的强度，这其实是反应蛋白质结构的变化。不仅仅是几个肽段简单的加和。明白了吗？

2003-11-25 18:24

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楼主

kiwi

铁杆站友

3楼

那MASCOT以及PEPTIDENT搜索中怎么样把肽段的强度信息包括进去呢？搜索格式中
只有肽段的质量数据啊。
还有，我在搜索时用的MASS TOLERANCE是0.5，结果他说太高让我用0.1，可是文献上还是用的0.5啊

2003-11-25 21:19

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• 2021主治是谁出的题？咋这么多新花样

codegreen

丁香园中级站友

+1 积分
4楼

kiwi
那MASCOT以及PEPTIDENT搜索中怎么样把肽段的强度信息包括进去呢？搜索格式中
只有肽段的质量数据啊。
还有，我在搜索时用的MASS TOLERANCE是0.5，结果他说太高让我用0.1，可是文献上还是用的0.5啊

据我所知,好象MASCOT以及PEPTIDENT中并没有考虑肽段的强度信息,由于将近一年没有做实验了,所以也记得不是十分清楚了:):)隐约记得好象sequest还是ＭＳ－ＦＩＴ搜索程序考虑了肽段的强度信息和氨基酸序列、结构信息以及肽段的亲水性和疏水性等信息。还请您自己到网站上去看一下这些程序的说明。因为小弟最近忙于写基金的标书，未能亲自去详查，请老兄见谅！
等我有时间时一定帮老兄查文章，（好象在哪里见过），详细介绍了各种程序的一些feature

2003-11-25 21:57

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