• 论坛首页
  • 我的丁香客
  • 找人
    查找好友
  • 更多
    丁香园
    丁香通
    丁香人才
    丁香会议
    丁香搜索
    丁香医生
    丁香无线
    丁香导航
    丁当铺
    文献求助
    医药数据库
    丁香诊所
    来问医生
登录 注册

生物信息

关注今日:15 | 主题:139778
论坛首页  >  生物信息学讨论版   >  生物_信息结合
  • 发帖
    每发1个新帖
    可以获得0.5个丁当奖励
  • 回帖

分享到:

  • 微信

    微信扫一扫

  • 微博
  • 丁香客
  • 复制网址

找数据库?扒一扒国外重要的生物信息中心

  • 只看楼主
  • 页码直达:
  • 直达末页
楼主 Rafaela香
Rafaela香
儿科
入门站友

  • 0
    积分
  • 460
    得票
  • 943
    丁当
  • +8 丁当
  • 1楼

数据库是一切生物信息学工作的出发点。大量数据库集中在一些国际或国家的生物信息中心。这些中心一般还提供数据库检索服务、检索工具和各种免费软件。

我会分别介绍一批较为重要的国际和国内的生物信息中心和网点。所谓“重要”,当然是相对而言。有些学校或研究所的网页包含某方面的有益信息,也就同真正的“中心”一样列入名单。在这样的前提下,疏漏和偶然入选都在所难免。


1、EBI,欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)

网址 :http://www.ebi.ac.uk/ (EBI主网页,可链接到其他项目) http://www2.ebi.ac.uk/ (各种数据库和分析工具) http://www3.ebi.ac.uk/ (EBI 的公众服务网页) ftp://ftp.ebi.ac.uk


介绍 :1994 年建立于英国剑桥。它的前身是位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室 的信息服务部门。 EBI 接受了原来 EMBL 数据 库的管理和维护,并且是欧洲分子生物学网( EMBnet)  的一个特别节点。EBI开展了多方面的生物信息服务和研究。



2、EMBnet ,欧洲分子生物学信息网(European Molecular Biology Network)


网址:http://www.embnet.org/



介绍:建立于1988年.作为一个国 际组织,它在荷兰注册。从1996年开始,EMBnet把成员国范围扩大到欧洲以外,中国在同年加入。EMBnet的中国节点设在北京大学生物信息中心PKUCBI 。目前,EMBnet有29个成员国(每国一个节点)和10个特别节点。下表列举了EMBnet部分节点的网址和所在单位,有些网页的内容甚为丰富。





3、EMBL ,欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory) 


网址:http://www.embl-heidelberg.de/Services

http://www.embl-heidelberg.de/~seqanal



介绍:1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立,现在由欧洲30个成员国政府支持组成,目的在于促进欧洲国家之间的合作来发展分子生物学的基础研究和改进仪器设备、教育工作等。


EMBL分为7个部分:结构、分化、物理仪器、生化仪器、生物仪器、计算机和应用数学。它的宗旨是:从事结构分子生物学及分子医学方面的基础研究;为科学家、学生及访问学者提供高层次的培训;为成员国的科学家提供必需的科研服务;在生命科学领域开发新型的科研仪器及研究方法;积极参与生物技术的转化及应用。其主实验室设在德国海德堡。


EMBL除了位于德国海德堡(Heidelberg)的总部外在欧洲还有几处分站:英国的茵格斯顿(Hinxton)分站、法国格勒诺布尔(Grenoble)分站、德国汉堡(Hamburg)分站和意大利蒙特罗顿多(Monterotondo)分站。


其中,英国的生物信息学研究所EBI(European Bioinformatics Institute)于1982年建立了先进的核苷酸序列数据库(EMBL-DNA),可进行核苷酸序列检索及序列相似性查询,该数据库与美国的GenBank及日本的DDBJ共同组成全球性的国际DNA数据库。近年来数据库发展很快,数据量成倍递增。由于具有开放和创新的良好学术氛围,EMBL已发展成欧洲最重要和最核心的分子生物学基础研究和教育培训机构。

请参看网址:

http://www.embl-hamberg.de/

http://www.embl-grenoble.fr/






素材来源:中国科学院重大科技基础设施共享服务平台




4、NCBI,美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)

网址: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/



介绍 :它的前身是美国国家卫生署(National Institute of Health ,简称NIH) 所属的一个研究所的计算生物学研究室,1988年独立为NCBI,形式 上属于国家医学图书(National Library of Medicine ,简称NLM)。NCBI管理着包括GenBank在内的一批数据库,如 UniGene 、RefSeq、dbSNP 、COG 、LocusLink、OMIM 和 MMDB 等。它 提供Entrez数据库检索工具、BLAST数据库序列搜索等服务.关于NCBI数据库和软件资源的最近描述 可参看:D. L. Wheeler et al., Nucl. Acids Res. 30 (2002) 13 - 16。

参考:

1.生物信息学手册第二版

2.中国科学院重大科技基础设施共享服务平台

  • 邀请讨论
  • 不知道邀请谁?试试他们

    换一换
2020-12-25 15:44 浏览 : 895 回复 : 3
  • 投票 2
  • 收藏 7
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
    • 推荐上首页
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 首张“新冠患者分子全景图”
yxy840325
yxy840325
科室保密
常驻站友

  • 1
    积分
  • 62
    得票
  • 647
    丁当
  • 2楼
mark
2021-01-08 21:32
  • 投票
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 博士第三年,遇到极大的困难,不知道该如何走下去
楼主 Rafaela香
Rafaela香
儿科
入门站友

  • 0
    积分
  • 460
    得票
  • 943
    丁当
  • 3楼
yxy840325
mark
谢谢您的回复ฅ۶•ﻌ•♡
2021-01-09 09:41 来自 Android客户端
  • 投票
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 今上午写报告遇到的,颅脑MR,您能看出几处异常?据说工作中很罕见!
哈哈哈哈镜
哈哈哈哈镜
肿瘤科
常驻站友

  • 4
    积分
  • 79
    得票
  • 465
    丁当
  • 4楼

我觉得这些网站倒是不用分享,可以做个

蛋白质亚细胞定位预测

http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/

蛋白质跨膜螺旋在线分析工具

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/

信号肽预测与分析

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

蛋白质二级结构预测

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html

CDD conserved domain database

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

蛋白质3D结构分析

https://swissmodel.expasy.org/interactive

这样类型的,我觉得还有用些

2021-01-16 19:03
  • 投票 1
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 文献求助

关闭提示

需要2个丁当

丁香园旗下网站

  • 丁香园
  • 用药助手
  • 丁香通
  • 文献求助
  • 丁香人才
  • 丁香医生
  • 丁香导航
  • 丁香会议
  • 手机丁香园
  • 医药数据库

关于丁香园

  • 关于我们
  • 丁香园标志
  • 友情链接
  • 联系我们
  • 加盟丁香园
  • 版权声明
  • 资格证书

官方链接

  • 丁香志
  • 丁香园新浪微博
引用回复