关键词： 肺癌、lncRNA、生物信息学

想要文章接收快，除了实验设计完整、逻辑清晰、内容丰富而有意义等等等等……还有最最最重要的一点就是要了解科研最新热点，掌握最新研究进展。那么最近几年基础科研的研究热点是什么？那必须要有微环境、生物标志物、生信分析、microRNA、lncRNA和外泌体等等，现在就来跟大家分享一篇今年刚发表的3分文章，结合了肿瘤微环境、lncRNA和生信分析等热点，希望对大家能有一点点的帮助！

研究思路

下图是作者的数据分析流程和研究思路：图A通过分析36例RNA测序数据和TCGA数据库的54例RNA测序数据来鉴定肺癌细胞的外源性lncRNA； 图B 从肺肿瘤样品分离出免疫细胞的单细胞并作RNA测序分析；图C 在健康的血液中分离出免疫细胞的单细胞并作RNA测序分析；图D 通过免疫激活和基于siRNA的测定评估体外lncRNA的抗肿瘤活性。

实验方法

收集36例肺癌及其癌旁组织样本，做RNA测序，并通过TCGA数据库分析54例肺癌患者的外源性lncRNA。通过体外细胞毒性测定、siRNA和qPCR实验验证结果。

结果解读

1、表1为病例的具体情况。

2、肺癌RNA测序数据含有外源性lncRNA

作者从RNA测序和TCGA数据库中，挑出前10位在肺癌和正常组织差异最明显的lncRNA（表 2），前10位与PTPRC（白细胞标志物）正相关的lncRNA（表 3），前10位与LUMP（肿瘤中免疫细胞浸润的标志物）得分呈负相关的lncRNA（表 4）。结果表明，RNA测序检测出了外源性的lncRNA，这些外源性的lncRNA可能是浸润在肺癌的免疫细胞产生的。

3、肺肿瘤微环境中免疫细胞的LncRNA表达

作者将肿瘤组织和正常组织的RNA测序数据作比较，结果发现相较于正常组织，肺癌中LINC00861的表达水平较低。将分选的免疫细胞进行RNA测序，结果发现linc00861主要在免疫细胞中表达，与LUMP得分呈负相关。且linc00861表达的较低的患者显示5年总生存期明显较差。

4、 LncRNA在正常的免疫细胞中表达

作者从数据库GSE60424中的数据分析发现lncRNA在正常的免疫细胞中表达，且在不同的免疫细胞表达有一定的差异性。

5、为了研究外源的lncRNA在抗肿瘤免疫中的作用，作者鉴定了位于19q13.41染色体上的492个碱基对AC008750.1非编码转录本。发现此转录本仅在健康CD8⁺ T细胞和NK细胞中表达，作者同时分析了与AC008750.1相关的NKG7和SIGLEC10的表达情况，结果表明AC008750.1与NKG7之间可能存在顺式调节关系。

6、最后作者通过细胞毒性实验和敲低 AC008750.1，验证AC008750.1的表达降低与NK细胞功能受损有关，表明免疫细胞中lncRNA的表达可影响NK细胞的抗肺肿瘤反应。

小结

这篇文章主要通过收集的病例样本进行RNA测序和数据库的生信分析实验来表明lncRNA在健康和浸润肿瘤的人类免疫细胞中广泛表达。最后通过数据库和基础实验表明lncRNA可作为肺癌肿瘤免疫反应的新型介体。

这篇文章虽然数据看起来很多，但是多为生信分析，实际实验并不多，且研究内容较浅，而作者紧追热点，如肿瘤微环境和lncRNA等。我们在科研的同时要了解科研的最新热点，掌握最新研究进展，且尽量让研究与热点相结合，这样不但会让我们的文章尽快被接收，也可能助文章更上一层楼。

参考文献：Sage AP, Ng KW, Marshall EA, et al. Assessment of long non-coding RNA expression reveals novel mediators of the lung tumour immune response. Sci Rep. 2020;10(1):16945. Published 2020 Oct 9. doi:10.1038/s41598-020-73787-6

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