拷贝数变异(copy number variation，CNV)是指染色体上大于1 kb的DNA片段的增加或者减少，主要表现为亚显微水平的缺失和重复。致病性CNV可导致一类重要的遗传病——基因组病，其临床表型复杂多变，主要包括智力低下、发育滞后、面容异常、多发畸形等。CNV检测除能发现显微水平的染色体不平衡改变外，亦能发现传统G显带核型分析所无法检出的染色体亚显微结构异常(通常<5～10 Mb)。在儿科领域，CNV检测已被作为不明原因发育滞后/智力低下、孤独症伴(或不伴)多发畸形患儿的一线检测方法，目前也被作为针对超声发现结构异常的胎儿进行产前诊断的一线遗传学检测方法。

目前用于CNV检测的技术主要包括染色体微阵列分析(CMA)以及基于下二代测序(NGS)技术的拷贝数变异测序(CNV-seq)。根据芯片设计与检测原理的不同，CMA检测芯片又分为基于微阵列的比较基因组杂交(aCGH)(以下简称CGH芯片)及单核苷酸多态性微阵列(SNP-array)。

为规范CNV检测技术在产前诊断领域的临床应用，我们制定了本指南，内容主要包括开展CNV分析产前诊断的基本要求、适用范围、临床检测及咨询流程、检测流程等。

1　基本要求

1.1　机构要求

(1)开展CNV产前诊断的医疗机构应当获得产前诊断技术类《母婴保健技术服务执业许可证》，且包含分子遗传学产前诊断项目。

(2)开展CNV产前诊断的医疗机构应当具备临床基因扩增检验实验室资质，严格遵守《医疗机构临床实验室管理办法》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》等相关规定，并定期参加国家卫生健康委临床检验中心组织的室间质量评价。

1.2　人员要求

(1)从事CNV产前诊断、临床遗传咨询及实验室的医务人员应按照《产前诊断技术管理办法》的要求取得相应资质。

(2)从事CNV产前诊断的实验室人员应经过省级以上卫生健康行政部门组织的临床基因扩增检验技术培训，并获得培训合格证书。

1.3　设备和试剂的要求

(1)在具备细胞遗传学实验诊断设备的基础上，同时具备相应开展CNV检测的主要设备。设备的种类、数量应与实际开展检测项目及检测量相匹配。

(2)设备、试剂及数据分析软件应符合《医疗器械监督管理条例》及《医疗器械注册管理办法》等相关规定。

1.4　工作要求

严格遵守《中华人民共和国母婴保健法》、《中华人民共和国母婴保健法实施办法》、《产前诊断技术管理办法》、《医疗机构临床实验室管理办法》等法律法规的有关规定。

2　适用范围

2.1　目标疾病

根据目前的技术发展水平，CNV产前诊断的目标疾病至少应包括染色体非整倍体、已知的染色体微缺失/微重复综合征。SNP-array应在此基础上能够额外检出染色体多倍体、部分单亲二体(uniparental disomy，UPD)、基因组纯合区域(regions of homozygosity，ROH)等。

2.2　样本类型

CNV产前诊断应能针对产前诊断的所有样本类型，包括绒毛、羊水及脐血样本等。

2.3　适用人群

针对以下情形，建议首选CMA(SNP-array)检测：

(1)无法排除胎儿存在UPD。

(2)胎儿宫内生长受限。

(3)可能与UPD相关的超声软指标：胎儿长骨小于同孕周第5百分位。

(4)孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查(NIPS)提示6、7、11、14、15及20号染色体异常。

针对以下情形，建议对胎儿进行CNV检测(CMA或CNV-seq均可)：

(1)超声检测提示胎儿存在一处或多处结构异常。

(2)颈后透明层(NT) ≥第99百分位(NT≥3.5 mm)。

(3)和CNV相关性较高的超声软指标：如右锁骨下动脉迷走。

(4)当NIPS提示除6、7、11、14、15及20号染色体以外的其他染色体异常。

(5)当胎儿染色体核型分析存在染色体新发平衡性改变。

(6)胎儿染色体核型分析无法明确诊断(如检测出标记染色体、衍生染色体等)时。

(7)夫妻一方为染色体微缺失/微重复综合征患者，或既往有染色体微缺失/微重复综合征妊娠史或生育史。

(8)夫妻一方为染色体平衡重排携带者时，在充分知情同意情况下，可同时行胎儿染色体核型分析和CNV检测。

(9)既往有不明原因的不良孕产史。

针对以下情形，可选择对胎儿进行CNV检测或染色体核型检测：

(1)孕妇高龄或常见胎儿染色体非整倍体筛查结果提示高风险。

(2)第95百分位≤ NT<第99百分位(3.0 mm ≤ NT<3.5 mm)。

(3)与染色体非整倍体相关性较高的超声软指标：如NF增厚、鼻骨缺如或发育不良。

(4)夫妻一方为染色体非整倍体(含嵌合型)患者，或具有常见染色体非整倍体妊娠或生育史时。

(5)因其他原因需要进行介入性产前诊断的孕妇(如夫妻双方同型地中海贫血)，在充分知情同意情况下，可同时行胎儿染色体核型分析或CNV检测。

其他情况：

临床医师认为应进行胎儿CNV检测的其他情况。

2.4　局限性

CNV产前诊断存在一些固有的局限性，对下列情况存在漏检的可能性，包括：

(1)染色体平衡性结构异常：CMA或CNV-seq均无法检测染色体平衡性结构异常，包括染色体平衡易位(含罗氏易位)及倒位等，需结合染色体核型分析进行诊断。此外，CMA或CNV-seq均无法区分游离型和罗氏易位型三体，建议对胎儿的生物学父母进行外周血染色体核型溯源分析，以判断亲代是否携带染色体罗氏易位，并进一步评估再发风险。

(2)可以检出染色体的不平衡改变，但无法阐明其在核型上的表现。

鉴于上述局限性，所有行CNV产前诊断的孕妇，在充分知情同意的情况下，均可同时进行染色体核型分析。

(3)嵌合体：基于分子诊断学技术的CNV检测对染色体嵌合体存在漏诊的可能性。对于嵌合比例<30%者的检出存在不确定性，建议结合荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，FISH)或核型分析进行验证。

(4)多倍体：aCGH及CNV-seq无法检出多倍体，建议同时行短串联重复(short tandem repeat，STR)或染色体核型分析以避免漏诊。SNP-array可检出多倍体，但对于部分四倍体可能存在漏诊。

(5)ROH：aCGH与CNV-seq均无法检出ROH。后者的病因包括血源同一(IBD)；近亲关系；UPD，即某条染色体的两个拷贝均来自父亲或母亲，又包括单亲异二体(hUPD)和单亲同二体(iUPD)两种情况。单样本的SNP-array检测可检出iUPD，家系样本的SNP-array检测则可分析出hUPD或hUPD与iUPD的复合UPD。

(6)多个细胞系的净平衡：在极端情况下，如47，XXX与45，X、或者47，XYY与45，X两种非整倍体细胞的比例各占50%的嵌合体，CNV检测会提示性染色体数目未见异常。此时即使同时进行STR检测仍存在漏检的可能性。

(7)性染色体异常：当CNV检测提示性染色体异常，但无法判断其是否为嵌合体以及相应细胞系的组成和比例时，建议进一步行染色体核型或FISH检测。

(8)全基因组的覆盖率及分辨率：对于涉及人类基因组高度重复区域的染色体微缺失/微重复综合征，CNV-seq可能存在漏检或检出的CNV片段小于实际范围的可能性(如1q21.1再现性微缺失/微重复、16p13.11再现性微重复/微缺失等)；CMA无法检测其探针覆盖区域以外的CNV。芯片检测的分辨率与探针密度及分布有关，CNV-seq的分辨率与测序量，即有效序列(reads)数有关。

(9)生物学关系的鉴定：对于CNV的溯源检测必须在确定受检对象的真实生物学关系后进行。aCGH及CNV-seq检测均无法鉴定亲缘关系，需要对家系成员加行STR位点或SNP位点检测。此外，生物学关系的鉴定不能用于亲子鉴定。

(10)母体污染：aCGH及CNV-seq均无法检出母体细胞污染(对于女性胎儿将完全无提示；对于男性胎儿则可能表现为性染色体拷贝数异常)，建议同时行STR检测，排除母体细胞污染的可能性。

(11)单基因病：aCGH及CNV-seq均无法对单碱基变异及低于其分辨率的微小片段缺失/重复所致的遗传病进行检测。

3　临床检测及咨询流程

3.1　检测前咨询及知情同意

(1)对符合检测指征并自愿接受检测的孕妇，医师应详细告知孕妇及其亲属检测的目标疾病、目的、意义、准确性、检测方法、检测费用、检测周期、局限性、风险及其他可替代的产前诊断技术等。在充分知情的情况下，由孕妇及亲属自主选择，并由孕妇或其亲属签署知情同意书。

(2)知情同意书应包括以下要点：告知该检测技术的目标疾病；告知该检测的局限性；告知检测平台、检测分辨率及报告阈值；告知该检测可能存在的后续检测及流程；告知可能影响该检测准确性的相关因素；告知该检测有因检测失败需要再次介入性产前诊断取样的风险；在保证患者隐私的前提下，有可能将样本和数据用于医学研究；其他可替代的检测方法；医师认为对于病例个案应该说明的问题；医务人员、受检者和(或)亲属/法定监护人签字。

(3)该检测可检出并出具报告的CNV包括致病、可能致病及临床意义不明的CNV(VUS)，不同类别的CNV预后有所不同。检测发现胎儿存在VUS时，建议其生物学父母采用相同的平台进行溯源检测，以判断胎儿VUS的来源，指导进一步的临床处理，帮助判断胎儿的预后。须告知患者需要支付相应的费用。

(4)部分CNV相关的表型存在外显不全或表现度差异，如某些神经发育障碍类疾病，并可能遗传自表型无明显异常的父母。由于这类CNV可能伴发结构异常，因此超声随访可能为胎儿的预后提供部分信息。对于存在这类CNV的胎儿，即使进行了生物学父母的比对，仍可能无法判定其生后的表型。

(5)额外发现：aCGH及CNV-seq可能发现一些成人期迟发性疾病或肿瘤易感性疾病，这提示父母之一可能罹患同一疾病但尚未表现出临床症状。应根据疾病的严重程度，酌情报告。

(6)胎儿期检测的特殊性：告知胎儿影像学诊断有一定的局限性。一些神经系统、消化道、面容、体表以及内分泌代谢等方面的异常将难以通过超声发现和证实，对于CNV致病性的判断将更加困难。此外，产前诊断的时间窗较短。由于孕周所限，临床观察时间较短，对于一些需进一步验证、补充的遗传学检测可能存在限制，给临床处理造成一定的困难。

3.2　检测信息的采集

医师应仔细询问孕妇的基本情况、本次妊娠的情况、既往史、孕产史、生育史及家族史等。真实、准确、详细地填写检测知情同意书。

3.3　样本采集及转运

用于产前诊断的胎儿样本的采集应由具有产前诊断资质的临床医师在具有产前诊断资质的医疗机构中进行。

(1)样本编号：医疗机构应当对样本进行唯一编号。该编号应与知情同意书、检测报告单的编号一致。

(2)样本采集：孕妇绒毛、羊水或脐血样本的采集和处理均应按照标准操作流程进行。应采用无菌离心管收集羊水样本，采用装有生理盐水无菌管收集绒毛样本；采用乙二胺四乙酸(ethylenediamine tetraacetic acid，EDTA)盐抗凝采血管收集脐血样本，所有样本均应留有备份。采集绒毛样本及脐血样本时，需同时用EDTA盐抗凝采血管采集孕妇的外周血样，用于排除母体细胞污染(MCC)及证实样本的胎源性。

(3)样本的保存与转运：样本应在离体后48 h内用4℃～8℃冷链送至检测机构。应与知情同意书等资料同时转运。转运过程应符合生物安全和环境要求，同时做好交接记录。

3.4　检测报告的出具与发放

(1)从采集样本到发放报告的时间应不超过15个工作日，因特殊情况需要延迟发放报告或因检测失败需要重新采集样本时，应在10个工作日内通知患者和相关医师。

(2)检测报告应由两名具有产前诊断资质的专业技术人员出具，由具有产前诊断资质的副高级以上职称的专业技术人员签发。

(3)检测报告应当由开展相关技术的医疗机构出具，以书面报告的形式告知受检者。

(4)检测报告应包括以下信息：送检单位与送检医师姓名；孕妇的基本信息，包括姓名、年龄、患者ID号、临床诊断等；样本信息，包括样本编号、样本类型、采(收)样日期等；检测项目和检测方法；结果描述与建议；报告注释，包括检测平台、分析软件及基因组参考序列、检测分辨率及报告阈值，检测局限性、参考数据库或文献信息的时效性等；检测时间、检测人员姓名；报告审核发放时间、审核人员签名等。

3.5　检测后咨询及处理

检测后的咨询应结合临床信息进行。

(1)对于阴性报告，建议定期进行常规产前检查，加强超声监测，必要时进行其他相关遗传学检查。

(2)染色体数目异常和致病性CNV：告知相应染色体异常的表型、预后情况等，是否继续妊娠由孕妇及家属自主知情选择。必要时应对父母样本进行溯源检测，以协助对于胎儿样本检测结果的判读，并判断再次妊娠时的再发风险。

(3)VUS：可能需要对父母样本进行溯源检测辅以家系分析，以协助对胎儿样本检测结果的判读。但在很多情况下，基于目前对于人类基因组的认识和数据的积累程度，仍然无法对某些检测结果进行判读和解释。是否继续妊娠应由孕妇及其亲属自主知情选择。

(4)嵌合体：充分告知CNV检测所提示的嵌合比例与胎儿出生后表型无对应关系，由于无法明确胎儿不同脏器或组织中异常细胞所占的比例，因此无法预测胎儿出生后可能出现的表型，是否继续妊娠由孕妇及亲属自主知情选择。

(5)外显不全或表现度差异：告知这类CNV在不同患者中可出现轻重不同的表型，通过生物学父母比对可了解CNV的来源，但无法判断胎儿生后表型。若选择继续妊娠，建议加强超声监测，生后加强临床检查。可对夫妻双方进行CNV检测评估再发风险。

(6)ROH：若为UPD原因导致，且涉及印记基因的UPD存在明确的临床表型，应告知相关预后，是否继续妊娠由孕妇及亲属自主知情选择。不涉及印记基因的UPD，因无法排除三体或单体自救不完全可能，应密切监测胎儿生长发育情况及胎盘情况，判断胎儿预后。ROH若为血源同一或近亲关系导致，本身不致病，但可能增加胎儿常染色体隐性遗传病患病风险，应告知CNV检测无法了解基因变异情况，建议结合家族史，加强超声监测，有条件者可选择基因检测技术排除纯合变异致病可能及进一步评估胎儿预后。

(7)额外发现：当CNV涉及明确的胚细胞变异所致恶性肿瘤、缺失片段涉及抑癌基因等，应予报告，并告知孕妇及家属可能存在的风险。

3.6　妊娠结局随访

(1)医疗机构应负责对孕妇的妊娠结局进行追踪随访。对于产前诊断结果为常见染色体数目异常及致病性CNV的孕妇，妊娠结局的随访率应达到100%；对于其他孕妇，妊娠结局的随访率应达到90%以上。

(2)随访内容应包括：晚期流产、引产、早产或足月产、死产、死胎等妊娠结局。同时应随访胎儿出生后的生长发育等情况，尤其是产前诊断结果异常的胎儿，应尽可能加强远期随访，明确其CNV与临床表型之间的关系。

3.7　样本与资料信息的保存

医疗机构应保存知情同意书、实验室检测核心数据信息及检测剩余DNA样本。样本保存期限应不少于3年，知情同意书、实验室检测核心数据信息保存期应不少于15年。

4　检测技术流程

4.1　样本接收

医疗机构应制定样本接收和拒收的原则。在拒绝接收不符合要求的样本时，应当书面反馈拒绝的原因。拒收的情况建议包括：

(1)样本采集不当。如采集管破裂或开盖、样本标识不清、抗凝剂使用不正确、样本信息不全等。

(2)样本未按照规定的温度、时限进行保存和运输。

(3)知情同意书填写不完整。

(4)样本量无法满足实验平台的要求。

4.2　信息记录要求

实验室应具有规范的样本接收记录、实验记录、结果分析记录及报告发放记录等，相关资料应至少保存5年。

4.3　样本检测前质量评估

在提取产前样本全基因组DNA前，应对样本进行初步评估，建议如下：

(1)羊水样本：清亮，离心后细胞沉淀物足量且无肉眼可见的血样沉淀物。如出现羊水样本浑浊或肉眼可见血样沉淀物，则需进行细胞培养，培养成功后提取DNA，经STR检测排除MCC后，方可进行后续检测。

(2)绒毛样本：在体视显微镜下无菌分离时可见绒毛。提取DNA后，应与孕妇外周血DNA同时进行STR检测，在排除MCC并证实胎源性后，方可进行后续检测。

(3)脐血样本：提取DNA后应与孕妇外周血DNA同时进行STR检测，在排除MCC并证实胎源性后，方可进行后续检测。

4.4　样本的检测

实验操作应符合《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》的相关要求。实验室分区的温度和湿度应符合设备说明书要求。采用不同的平台进行CNV检测，应当严格按照标准操作流程及试剂说明书要求进行。剩余DNA样本应于-20℃以下保存不少于3年，并避免反复冻融。

实验室应具备对异常结果进行验证的能力，包括对嵌合体的验证、常见与CNV相关的单基因病的验证(如Duchenne肌营养不良等)、染色体溯源检测等。

4.5　实验室室内质控及室间质评

(1)室内质量控制：检测仪器需定期进行保养、维护和校准；实验人员应定期进行培训、考核；试剂应有出入库记录及有效期核对。实验室应根据不同平台的要求和产前诊断的特点制定相应的室内质量控制体系，对检测进行质量控制。

(2)室间质量评估：实验室应定期参加国家卫生健康委临床检验中心组织的室间质量评估，有条件的地区可开展不同机构之间的实验室比对。

4.6　数据分析及结果判断

(1)检测质量控制合格的样本应严格按照产品说明书进行实验室结果的判读。由于羊水样本的特殊性，部分样本的质量控制结果可能略低于标准。对于这类数据，需经两名以上的CMA技术组成员进行综合评估，判断仍能用于后续分析的，应记录确认的结果。

(2)检测质量控制不合格的样本应重新提取DNA进行再次检测，若再次检测仍不符合数据分析或结果判读质量要求，实验室应当与临床沟通后确定后续的处理方案。

(3)实验室应规定检测的切割值及报告阈值，并以此为基础进行数据分析及结果判断。

(4)CNV数据的分析(附件1)。

4.7　检测报告的出具

产前诊断医疗机构所出具的检测报告应包含检测结果及结果说明(附件2)。

4.8　检测数据的存储与安全

相关医疗机构应严格保护孕妇的隐私，严禁泄露受检者的信息，并采取措施确保信息安全。检测数据应进行备份，并与互联网物理隔离。可追溯的核心检测数据应保存不少于15年。

附件1 CNV产前诊断数据的分析

1　CNV的分类

按照国际标准，将CNV分为5类(致病、可能致病、临床意义不明、可能良性、良性)：

(1)致病性CNV：以往多篇同行评议文献均已明确致病的临床意义，无论其是否存在外显率不同或表现度差异，均应判定为致病性。包括以下情况：覆盖已知明确的微缺失/微重复综合征致病区域；缺失片段包含明确单倍剂量不足(HI)基因；重复片段包含明确三倍剂量敏感(TS)基因；按照ClinGen致病性CNV综合评分网站(http://cnvcalc.clinicalgenome.org/cnvcalc/)得分≥ 0.99。

(2)可能致病性CNV：已存在证据表明很可能致病，但目前尚不足以得出肯定的结论。包括以下情况：缺失片段未包含整个HI基因、但涉及HI基因的5′端(含编码区)；缺失片段未包含整个HI基因但涉及HI基因的多个外显子(含3’端)；缺失片段包含可疑HI基因或重复片段包含可疑的TS基因；多篇文献报道包含与高度特异性表型相关的基因；按照ClinGen致病性CNV综合评分网站得分介于0.98～0.90。

(3)VUS：目前尚无法进行分类，但通过研究的累积，未来可能被定义为致病性或良性。包括以下情况：不包含编码蛋白或有重要功能的基因，但超过了实验室定义的出具报告的片段阈值；仅有少量文献报道在正常人群中存在、但频率<1%；包含少量基因，但基因剂量敏感性未知；虽在文献中有报道，但结论不一致，确切临床意义尚无结论；位于基因内部，但尚不明确是否影响编码框；按照ClinGen致病性CNV综合评分网站得分介于- 0.89～0.89。

(4)可能良性CNV：已存在证据表明与孟德尔遗传病无关，但目前尚不足以得出肯定的结论。包括以下情况：在病例人群和对照人群中出现频率无统计学差异；含有基因的CNV在正常人群中多次报道，但频率<1%；超过了实验室定义的出报告的片段大小阈值，但该区域内无基因；按照ClinGen致病性CNV综合评分网站得分介于-0.98～-0.90。

(5)良性CNV：在多篇同行评议文献或数据库中报道为良性变异，或CNV本身就是常见的多态性；在DGV数据库或实验室内部数据库中发生频率>1%；或在正常人群中有报道，虽频率<1%，但该CNV不涉及基因；或按照ClinGen致病性CNV综合评分网站得分≤-0.99。

2　数据库查询

对于CNV的分类，需要对数据库及文献进行查询后综合判断，目前常用的数据库包括但不限于：

(1)Databases of Genomic Variants(DGV)(http://projects.tcag.ca/variation/)：收录了CNV研究中对照样本的CNV情况。绝大多数研究的对照样本均为正常对照，因此认为DGV数据库中收录CNV多为多态性。

(2)Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources(DECIPHER)(http://decipher.sanger.ac.uk/)：收录了与疾病表型相关的遗传变异。包含了目前已知的常见染色体微缺失/微重复综合征。

(3)Clinvar(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/)：收录了与疾病表型相关的遗传变异。对部分CNV进行了致病性分级。

(4)Clinical Genome Resource (ClinGen)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/dbvar/clingen/)：收录了剂量效应基因，包括明确的TS/HI基因(3分)、可疑的TS/HI基因(1～2分)；收录了与CNV相关的剂量效应区域，包括明确TS/HI区域(3分)、可疑TS/HI区域(1～2分)。

(5)GeneReviews(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1116/)：包含描述特定遗传疾病的标准化同行评议文章，内容涉及疾病的诊断、治疗和遗传咨询等。

(6)Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim)：即在线人类孟德尔遗传数据库，收录了人类基因和遗传性疾病，描述了各种疾病的临床特征、诊断、治疗及有关基因、遗传方式等。

(7)PubMed(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)：可查询与CNV相关的文献。

(8)实验室内部数据：实验室对已检测的产前、产后病例的临床表型进行总结、随访，创建实验室内部的正常人群CNV及异常CNV数据库。

3　数据分析流程

对于检测结果数据的分析流程如下：

3.1　评估染色体数目异常：

(1)染色体非整倍体：对于常见的常染色体非整倍体(21、18、13三体)需同时进行染色体快速检测，如荧光定量PCR(QF-PCR)、FISH或染色体核型分析等进行验证；对于性染色体数目异常，需同时进行染色体核型分析或FISH检测，明确其是否为嵌合体以及各细胞系的组成和比例；对于罕见染色体非整倍体，建议结合染色体核型分析或FISH结果进行验证。

(2)染色体多倍体：SNP-array可直接检出多倍体，aCGH和CNV-seq需结合QF-PCR或染色体核型结果进行判定。

3.2　评估嵌合体

CNV检测可稳定检出异常细胞比例>30%的嵌合体，必须报告；CNV检测对于异常细胞比例<30%的嵌合体，检出存在不确定性，建议采用FISH或核型分析进行验证。

3.3　评估CNV的致病性：

(1)检索DGV数据库及实验室内部数据库，判断CNV是否为良性或可能良性；

(2)对于非良性或可能良性CNV，建议检索以下数据库进行评估：

对于CNV片段，检索DECIPHER、Clinvar、ClinGene、GeneReivews等数据库；对于CNV中涉及的基因，检索ClinGene、OMIM等数据库；对于病例报道，检索PubMed等数据库。

3.4　评估ROH(仅针对SNP-array)：

(1)某一条染色体ROH：若ROH涉及整条染色体或6、7、11、14、15和20号染色体存在部分ROH(≥10 Mb)时，建议进行UPD验证，可选择相同平台进行家系CMA检测，也可进行甲基化多重连接探针扩增(MLPA)检测。

(2)多条染色体均存在大片段ROH：考虑胎儿生物学父母存在近亲关系。ROH片段总和占全基因组(除外性染色体)的比例可反映亲缘关系的程度：25%左右提示为一级亲缘关系，12.5%左右提示为二级亲缘关系；6.25%左右提示为三级亲缘关系。

附件2 CNV产前诊断报告的内容

染色体数目异常及嵌合体应直接在报告中描述，以下内容主要针对CNV及ROH。

1　CNV报告的内容

所有CNV产前检测，建议对于缺失片段<500 kb及重复片段<1 Mb的VUS、所有可能良性及良性CNV均无需在产前诊断报告中进行描述。

1.1　检测结果的规范书写

根据国际人类细胞遗传学命名委员会(International System for Human Cytogenetic Nomenclature，ISCN)最新版本的要求对CMA或CNV-seq检测出的CNV进行规范化命名。命名包括检测方法(如采用CMA应以arr为开头命名；如采用CNV-seq应以seq为开头命名)、基因组版本号、细胞遗传学定位(染色体编号和细胞遗传学条区带名称)、坐标、剂量、大小。

CMA：arr[GRCh37]22q11.21(18 648 855_21 800 471)×1 (3.152 Mb)

CNV-seq：seq[GRCh37]dup(22)(q11.21)chr22：g(18 880 000_21 480 000)dup (2.600 Mb)

1.2　CNV检测结果的说明

对于检测结果，应在查询相关数据库后进行说明，包含以下内容：

(1)CNV片段所包含的基因：应报道CNV片段涉及的蛋白编码基因数；应报道是否涉及剂量效应基因，并根据ClinGen数据库对其进行描述；应报道缺失片段涉及的常染色体显性遗传基因，并根据OMIM数据库对相关内容进行描述；应报道缺失片段中涉及的明确的隐性遗传基因或人群携带率≥ 1/50的隐性遗传基因(如16p13.3区的HBA1/HBA2基因杂合缺失)，并根据OMIM数据库对相关内容进行描述，并报告携带状态；应报道缺失片段涉及的与表型一致的隐性遗传基因；应报道CNV片段涉及的可导致严重遗传病的X连锁隐性遗传基因，应根据OMIM数据库对涉及的内容，对不同性别进行相应描述(男性胎儿应描述涉及的遗传病，女性胎儿应描述携带状态)。

(2)剂量效应区域：对CNV中涉及的剂量效应区域，应根据ClinGen数据库所涉及的内容进行描述。

(3)致病性CNV：对于CNV涉及的微缺失/微重复综合征，可参考DECIPHER、GeneReviews、OMIM、Clinvar等数据库对相关内容进行描述；对于外显不全或存在表现度差异的致病性CNV，应在报告中描述其外显率或表现度情况，以及可能的家系成员表型。

(4)VUS：应结合生物学父母的检测结果，对CNV涉及的病例进行报告，并说明遗传来源。

(5)人群发生频率：应根据DGV数据库或本地数据库对人群发生频率进行描述。

(6)报告结论：CNV是致病性、可能致病或临床意义不明。

(7)报告建议：建议受检者在专业遗传咨询人员处进行报告解读。

(8)附注：应说明检测平台、分析软件及基因组参考序列、检测分辨率、切割值及报告阈值、检测局限性、参考数据库或文献信息的时效性等。

2　ROH报告的内容

以下内容仅针对SNP array，建议仅报告≥ 10 Mb的ROH。内容包括：

2.1　ROH检测结果的规范书写

根据人类细胞遗传学命名国际系统(ISCN)最新版本的要求对ROH进行规范化命名。命名包括检测方法、基因组版本号、细胞遗传学定位(染色体编号和细胞遗传学条区带名称)、坐标、剂量、大小等，如arr[GRCh37]15q11.2q26.3(22 817 870_102 397 317)hmz (79.579 Mb)。

2.2　ROH检测结果的说明

(1)应告知ROH区域涉及的常染色体隐性遗传病基因若发生致病变异，则患病的风险增高，但SNP array检测无法确定相关基因是否存在变异，有条件者可进一步行基因检测以排除纯合变异致病的可能。

(2)某条染色体的ROH：若ROH涉及整条染色体，需优先考虑UPD的可能性；若6、7、11、14、15和20号染色体存在部分ROH，即使ROH区域不涉及印迹基因，仍需考虑致病性UPD的可能性。建议采用相同的检测平台进一步进行家系CMA检测或家系STR、胎儿样本甲基化MLPA分析，以判断UPD的来源，并对不同来源的UPD所导致的疾病进行描述。

(3)多条染色体均存在大片段ROH：根据ROH片段的总和占全基因组(除外性染色体)的比例来判断亲缘关系。

(4)报告结论：ROH为致病性或临床意义不明(除致病性UPD外，其余ROH均报告为临床意义不明)。

(5)报告建议：建议受检者在专业遗传咨询人员处进行报告解读。

(6)附注：应说明检测平台、分析软件及基因组参考序列、检测分辨率、切割值及报告阈值、检测局限性、参考数据库或文献信息的时效性等。

• 2020年09月拷贝数变异检测在产前诊断中的应用指南.pdf(1180.69k)