啊啊~~终于在读博第一年的尾巴破蛋了。。。今天收到文章接受信的时候我终于是松了一口气。总算是勉强够上毕业标准了，接下来就是为毕业论文而奋斗了！！（实验好难啊！实验什么的全都去死吧！！！）

之所以写这篇文章主要是为了骗骗积分，骗骗关注，看着自己写得文章能有人阅读还是很开心得。

言归正传，这次不讲我悲催得不能再悲催的实验经历（等我成功的时候再说吧），今天讲讲最近几年很火的一种文章类型：纯生信。

首先说明我不是大神（生信基本是从0开始自学，从学习到第一篇生信文章出来，花了我近5个月吧），至于我之前的经历可以参考我以前发的文章，以及coldcao1992这个账号发表的一些文章。我在以前的文章中说过，纯生信文章虽然不需要做实验，但需要具备一定的额外知识，包括编程知识，测序知识，数据库知识等等，所以不太适合想要吃快餐的朋友们。但是！！！！我现在要部分推翻我以前的这种说法！！因为只有经历过，才有发言权。（本文纯粹讲述我自学的经历！没有任何贬低某些培训机构，或者做广告的嫌疑，所有事情都是真实发生，文章所述全是我自己最真实的感受）

先说说我为啥学生信吧，主要有这么几个原因，1、我之前发了好几篇review的SCI，但众所周知，review类型的文章是不能用于博士毕业的，所以我需要一篇article。2、生信是实验的重要工具，在标书上加上一些生信结果瞬间就高大上了有没有！！3、先给博士生涯保个毕业，毕竟实验出结果慢，还不一定做的出来。4、一个人做实验真的摸索得很痛苦，不给老板随便出点结果我自己压力也很大啊！总之，这么多得原因让我彻底下了决心接触生信。研三刚刚毕业！我就开始着手准备，我学着王思聪爸爸，给自己定了个小目标：1篇SCI。

刚开始学得时候真的好痛苦，几乎所有的概念全部都不知道，这个懵逼状态大概持续了1个月之久。而这个阶段我主要学习了两件事，第一件事是学习R语言，第二件事是学习从各种数据库下载数据，并且看懂数据。。。。。。，因为博导是搞肿瘤的，所以其实我主要接触的就是烂大街的GEO、TCGA以及Ocomine啦，不过还是困扰了我好长时间，目前网络上的生信培训网站，文章以及教程实在是太多太杂，比如你在百度输入‘生信’两个字，有一个网站叫做‘生信自学网’马上会弹出来。。。对于这个网站，我真的是爱之如初恋，恨之不想见啊！至于为什么，容我后面慢慢道来！

先说R语言吧，B站上R语言的教程真的是一搜一大把（慕课网上也有哦！），而且还有各路大神在简书上写得R语言教程。这些对于一个初学者来说基本够用了，因为我们只要学会分析数据，至于更深的内容，比如编写脚本或者函数之类的我们就不用学了，因为数学不好，你肯定编不出来，学会怎么用别人的代码才是我们的学习目的！刚开始学R语言建议找一个0基础的视频看！从1+1开始学起，至少要把基础代码都过一遍！！我之所以这么说是因为如果你在B站输入‘R语言’和‘生信’两个词以后，一定会弹出生信技能树出品的大作！而你如果直接看生信技能树出品的视频，你会被打击得怀疑人生，从而放弃学习！等初学这个超级痛苦得过程过了以后，再去看一些文章复现类别得教程，你就会舒服很多了。再然后就可以跟着生信技能树的教程学啦（希望技能树创始人一生平安）！！基本上1-4分生信类文章上垃圾套路，你都可以通过百度获得相应教程！有些人可能会问，是R语言好呢，还是python好呢。实际上这个问题对我们来说是没有意义的，因为我们不可能去完整的学一门编程语言。。。毕竟我们是学医的，所以这个问题的正确答案是：你看的教程用得是什么语言，你就去学什么语言。比如我一开始学了R以后以为R无所不能（作图是真的好看！！），后来我想搞搞深度学习，然后就发现R语言有点不行，就又学了一点python,再然后数据量越来越大，自己电脑跑不动了。。。所以我就在想要不要买一个linux系统的服务器。。。晕死，还得学linux。感觉自己都不是个医学生了。。当然我linux才学了点皮毛，基本还用不上。总之，编程软件就只是工具，够用就好。

接下来就是数据得下载了。。。嘿嘿，关于数据下载是有点坑的！GEO的数据下载还好说，TCGA数据从官网下载是一个大坑！！当然官网不是不能下，我是学到一定程度以后才发现可以自己用R语言编写一段代码来直接整合下载数据的。但在这之前，各种各样乱七八糟得教程都有，比如有用linux下载得，还有用perl下载整合得，直到最后我才发现可以直接从其他网站下载整合好的数据。。。鼠标点两下就行了。。。这里我要提一下生信自学网这个网站，这个网站的创始人总是会不断重复一句话：数据一定要从官网下载（实际上完全没必要。。。因为TCGA项目早就终结了，基本没有更新了），然后你买来得超级贵得教程中会提供一个完全看不懂得perl脚本！而这段Perl代码最坑得地方在于它只能整合一种类型得数据。。。而TCGA的数据类型超级多！！所以你想不断学就要不断买。。。。话说真的有不断买得土豪吗？至于Perl这个编程语言，好像都快被淘汰了吧。总之提醒大家注意1点：大部分适合初学者的数据获取方式都不会太难（原始数据除外）。我目前处理很多类型得数据仍然是有困难得，但是pubmed上那些烂大街的生信水文上的数据，基本都是唾手可得的！

等你学会下载数据，又学习了一些数据分析方法以后！！你要开始学习套路了！！！因为我们最后的目的是文章！不是R语言！也不是解决什么牛逼的问题！！请各位一定要牢记这点！！我就是因为中间有一段时间沉迷于探索各种算法，然后在各种软件以及各类教程当中迷失了很久。直到某一天我幡然醒悟：我该看文献了！！看什么文献呢？这里我又要提生信自学网这个网站了！因为这个网站简直是水文套路的总结基地！！！虽然这个网站上得课程都收费（很贵，别买哈！），但是这个网站上讲得套路是免费得！！你可以根据这个套路去各大搜索引擎上查找相应文章，并进行学习。大家要注意，有很多套路可能在这类疾病上适用，换一类就完全不适用了，这也是我不推荐大家买教程得原因，因为教程往往讲得很局限。此外，在pubmed输入TCGA,或者GEO等等得词汇也会弹出很多文章。那么问题就来了，我应该阅读高分文章还是低分文章呢？？我得推荐是：低分！一开始阅读得文章越水越好！！！当然啦，这些文章通常都有许多的漏洞，和逻辑错误，至少我现在再回头取看那些1-4分的文章得时候，我会默默得吐槽一句“什么玩意！！”但是想到自己写得也就是这个档次得文章。。。我又会默默得说一声“谢谢”，各位朋友，不是我不看高分得，而是一开始真的看不懂啊！直到现在，我看着高分文章里那一堆又一堆得莫名其妙得算法和公式！我依然是云里雾里，疫情那段时候，为了搞清除一个算法和一个代码，我甚至把高等数学给买来了。。。。最后还是放弃了学习数学。。。苍天啊！我就是个医学生，又是学代码，又是学生物，再学数学真的有点吃不消了。但是如果数学学不好，创造新算法这种事情就基本可以放弃了，我们只能学别人的算法，也就是跟着传统套路走，别人吃肉我喝汤~~ 。我是搞肿瘤得，基本网上套路已经很成熟了，最近肿瘤免疫是生信得大热方向，反正哪里热我就去哪里凑热闹呗，于是我就找了一个烂大街的套路，把它强行套到了我在做得肿瘤上面，正好没人做过，好开心~~~

想象是美好的，但现实是骨感的！！很多网上得推文都会说一堆某某某靠生信发了3分，5分得文章，而文章的套路是差异分析，富集分析，PPI，巴拉巴拉巴拉！！！但是请各位童鞋记住，如果这个套路连推文都有了，那只能说明一个问题，那就是这个套路有可能已经被国人玩坏了。。。。许多成熟得套路甚至都有相应得网页工具了，做得图还老漂亮了，比如差异分析，相关性分析，聚类分析，生存分析，临床分析等等等等等！！！同样的，如果你写得文章内容只有这些。。。。。。基本就是不断被拒的干活！我之所以这么说是因为有段时间我深深陷在各种套路里，一口气写了4篇文章（毕竟疫情在家没事），然后就不断得遭遇拒稿，被拒得怀疑人生~~果然质量才是王道啊！此外，生信类文章也不是学会某几个套路就能发，我经常是兴致勃勃得做统计，最后发现统计出来得数据完全不能用，总之就是没啥意义~~这个就和做实验一样一样得，不停失败，不停换方法（反正生信不花钱，随便搞~~结果是阳性就好~~），打个比方，比如你某个基因得生存分析做出来是阳性得，你可以换肿瘤，也可以增加患者的纳入条件，还可以调整你的分组标准，甚至结局指标也能换，总之就是凑数据，凑凑凑，凑出一片天~~所以我其实完全不相信我自己做出来的结果，因为都是凑出来的，那些阴性得结果我都没摆上台面而已，写在文章里得都是漂亮得阳性结果~~（诶。。我也知道这样水文章不好，可小目标总要实现嘛~~）

是的，读到这里，细心的朋友已经发现了，其实我在发表这第一篇文章得时候，手里已经捏着差不多4篇纯生信的英文文章了。。。只不过投不出去而已，而刚刚被接收得那篇是稍微有点新意得，算是我比较得意的小作品了，不过现在看起来，依然水爆了。。。。这篇文章在经历了3次秒拒以后，终于在小修后录用。审稿人审得很敷衍，夸奖得也很敷衍，所以我觉得能被接受纯粹是运气，一直都觉得发文章5分靠实力，5分靠运气~~~至于接收生信文章得杂志。。。这个没啥好推荐得，因为你百度一下就会有，总之我已经快把百度推荐得那些杂志投遍了。。。但时不时就被秒拒，应该是这些杂志社都审美疲劳了吧，诶，每次当我的导师把秒拒邮件转发给我得时候我都心情异常得忧伤~~所以，大家一定要尽量找个好点的idea啊！，要是有标本做一点点的实验验证，文章就会好发很多~~生信套路的生存期是很短暂的，有些文章今年投不出去，明年可能就彻底过时了。

最后来总结下：生物信息是一个十分有魅力得学科，出文章快是真的，结果不靠谱也是真的。（我灌水了，我有错，但我是为了毕业，大家会原谅我得，我以后再也不灌水了）。当然，生物信息远远不止我在上面讲得东西，越往深入学，越能感受到生物信息学得魅力。随着计算机科技得不断发展，我相信生物信息学得发展一定会超乎我们得想象！！现在不学，你真的有可能跟不上了！！我最近开始致力于实验了~~毕竟光靠简单的生信分析，还没有办法撑起一篇完整得博士论文，但我愿意在生信的领域里探索更多得东西！！这篇文章，献给那些和我一样想快速出文章的生信小白！整篇文章可能没有干货（干货请自行百度），但描述了一个初学者的奋斗史！希望你能少走些弯路

求个积分~~

2020.9.11日更新

鉴于有很多朋友私信问我怎么学习生信，其实生信学习主要还是靠自己，资料就在那边，看你能不能找到了，我在这里分享2本电子书，有兴趣的人可以下载来看。

赞一个，只是你发错板块了，另外你描述的经历和我差不多，区别在于我没发SCI，尴尬了哈哈，一开始还想着灌灌水，后来只是用生信提供一点立题依据，忙着开题（生信帮助太小），现在想想生信有些浪费时间了，哎！